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weiguo2889

木虫 (小有名气)

[求助] 大家帮我看看啊,我做的酶切反应到底是怎么回事呢?急急急!

这是我酶切的电泳图,用的是全基因组DNA,反应体系如下(体系是参考别人的):我想得到的是200-1000bp左右的片段         
            Genomic DNA            20μl (5-6μg)
            10×enzyme buffer    5μl (终浓度1×)
             Sau3AI                      2μl(10U/μl)
             ddH2O                       23μl         
             Total Volume        50μl
然后 37℃酶切2-3hr,结果就是这样了,这是我没纯化的总DNA做的,我纯化后做的更是一点条带都没有,到底是怎么回事啊?
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hongqifei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-07 22:52:43
DNA全都降解了。先确认一下是不是DNA本身已经降解,再看看内切酶或反应体系有没有问题。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

何须剑道争锋?千人指,万人封,可问江湖鼎峰,三尺秋水尘不染,天下无双。
2楼2012-06-07 11:52:07
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weiguo2889

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hongqifei at 2012-06-07 11:52:07
DNA全都降解了。先确认一下是不是DNA本身已经降解,再看看内切酶或反应体系有没有问题。

但是我检测了提出的gDNA的啊,虽然有部分降解,但是还是有完整的,我觉得全部降解应该不是很可能吧,哎,这个反应体系是参考的别人博士论文里面的方法,内切酶也是在生工订的
3楼2012-06-07 12:04:51
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一申二心

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-08 13:51:14
你的这个结果好像是酶切出来。建议首先检测DNA,然后用不存在讲解问题的再做一下,还有在考虑是不是酶的添加量有问题

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2012-06-07 14:04:42
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weiguo2889

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 一申二心 at 2012-06-07 14:04:42
你的这个结果好像是酶切出来。建议首先检测DNA,然后用不存在讲解问题的再做一下,还有在考虑是不是酶的添加量有问题

我提的基因组DNA一般都会有部分降解,因为材料的原因,但是我前几天将DNA纯化回收了以后再做酶切反应还是没有目的条带。酶加多了会出现这种结果?
5楼2012-06-07 15:01:08
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一申二心

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by weiguo2889 at 2012-06-07 15:01:08
我提的基因组DNA一般都会有部分降解,因为材料的原因,但是我前几天将DNA纯化回收了以后再做酶切反应还是没有目的条带。酶加多了会出现这种结果?...

是不是DNA的浓度过低啊?或者是没得添加量少了
6楼2012-06-07 21:53:53
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elbo

金虫 (小有名气)

建议酶切之前GDNA进行纯化,另外酶切时间弄到3小时以上,生工的酶是进口分装的,他们的说明书 很粗糙,用的时候打了很多电话。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2012-06-08 07:19:44
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suifeng91

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议如下:
1、应该加一个没有酶切的基因组DNA样品;
2、Sau3AI 是四碱基识别内切酶,所以理论上256bp就有一个酶切位点。部分酶切的时候酶量及酶切时间要优化。

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人生不是一场物质的盛宴,而是一次灵魂的修炼,使它在谢幕之时比开幕之初更为高尚。
8楼2012-06-08 14:55:37
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weiguo2889

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by suifeng91 at 2012-06-08 14:55:37
建议如下:
1、应该加一个没有酶切的基因组DNA样品;
2、Sau3AI 是四碱基识别内切酶,所以理论上256bp就有一个酶切位点。部分酶切的时候酶量及酶切时间要优化。

恩,谢谢你了哦!
9楼2012-06-09 00:44:16
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weiguo2889

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by elbo at 2012-06-08 07:19:44
建议酶切之前GDNA进行纯化,另外酶切时间弄到3小时以上,生工的酶是进口分装的,他们的说明书 很粗糙,用的时候打了很多电话。

谢谢你了,呵呵~
10楼2012-06-09 00:44:36
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