| 查看: 1035 | 回复: 2 | |||
虚谦至尊木虫 (正式写手)
|
[交流]
怎么能让amber识别钙离子？ 已有1人参与
|
|
最近用amber做一下发光蛋白的qmmm 里面存在着形成配位键的钙离子 由于Ca的书写形式 amber总是不认识 上网查了一个钙离子的信息 Adding Calcium ion 1. Downloading（metal.prp and metal.mpg） from Amber webside 2. Modify the name of atom in pdb file. 原子名改为 KA 3. The following is the tleap.in (我用的是tleap) 可是改了KA之后 xleap就认为变成了钾了 定义配位键根本就不好使 请问怎么能让amber认识钙呢？ 刚刚学习 问的肤浅的话请见谅 您的一句话可能就帮了我的大忙 各位高手帮帮忙给看看呗 谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
085602调剂 初试总分335
已经有5人回复
-
302分 085601求调剂推荐
已经有8人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有10人回复
-
材料专硕(0856) 339分求调剂
已经有8人回复
-
085410人工智能 初试316分 求调剂
已经有6人回复
-
282求调剂
已经有10人回复
-
070300化学求调剂
已经有17人回复
-
318求调剂
已经有12人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
315求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 全合成如何选分子？
已经有15人回复
- amber怎么处理模拟前的DNA
已经有10人回复
- 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？
已经有4人回复
- 如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢
已经有5人回复
- 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？
已经有9人回复
- amber计算中，对对象做SMD以后，如何表示配体周围的水密度变化
已经有9人回复
- QM/MM计算中如何添加Pb的amber力场参数？
已经有8人回复
- 请教一下，怎样在复合物pdb里提取研究对象的pdb结构？
已经有15人回复
- 用EDTA测总稀土怎么屏蔽钙离子的影响
已经有10人回复
- 光催化反应的量子产率怎么测啊？
已经有5人回复
- amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
已经有7人回复
- 求助，怎么计算AMBER轨迹的SASA？
已经有3人回复
- Amber如何分析疏水作用？
已经有6人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- 求助在酸性条件下，怎么掩蔽钙离子，怎么掩蔽钠离子
已经有8人回复
- AMBER原子类型怎么修改？
已经有7人回复
- AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- 界面扩散法培养单晶求助，用过此方法的同学交流下
已经有16人回复
- 如何获取力场参数文件？
已经有4人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- 请问 怎么除去钙离子？？？？谢谢啊
已经有29人回复
- 【讨论】请问醛类化合物怎么显色
已经有13人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】如何查询含有某种骨架的天然产物分子
已经有3人回复
- 【请教】用DMF作溶剂的话应该如何培养单晶呢
已经有37人回复
- 【交流】怎么提高晶体的产率并让晶体长大
已经有24人回复
- 培养单晶时候烧杯必须干净，那怎么洗啊？谢谢！
已经有45人回复
虚谦
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 10056.1
- 红花: 1
- 帖子: 841
- 在线: 64.1小时
- 虫号: 512837
- 注册: 2008-02-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-05-28 15:13:03
3楼2012-05-28 15:40:38
