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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么能让amber识别钙离子？
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 怎么能让amber识别钙离子？ 已有1人参与

最近用amber做一下发光蛋白的qmmm
里面存在着形成配位键的钙离子
由于Ca的书写形式
amber总是不认识
上网查了一个钙离子的信息

Adding Calcium ion
1. Downloading（metal.prp and metal.mpg） from Amber webside
2. Modify the name of atom in pdb file. 原子名改为 KA
3. The following is the tleap.in (我用的是tleap)

可是改了KA之后
xleap就认为变成了钾了
定义配位键根本就不好使
请问怎么能让amber认识钙呢？
刚刚学习
问的肤浅的话请见谅
您的一句话可能就帮了我的大忙
各位高手帮帮忙给看看呗
谢谢了
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
1楼 2012-05-21 20:27:53
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
怎么能把帖子删了？已经解决了！
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
2楼2012-05-28 15:13:03
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 虚谦 at 2012-05-28 15:13:03
怎么能把帖子删了？已经解决了！

你可以把解决问题的方法列出来，也许后来有人遇到和你一样的问题，就可以很容易的解决了啊。人过留名
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-28 15:40:38
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