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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 固定分子内部结构
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jessesunlu

新虫 (正式写手)

[交流] gromacs 固定分子内部结构 已有1人参与

gromacs用constraint 固定分子内部结构时候重复估计很多  常常出现lincs warning    有没有简单点的方法保持分子结构不变呢？  谢谢解答
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1楼 2012-03-13 20:46:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2012-03-14 08:03:31
设置冗余的 BOND 和 ANGLE 应该就行吧，
比方说三个原子 A B C  ，本来只有A与B成键  ，B与C成键

你人为的给AC之间加个键，键长就是AC之间的距离，并且键能给设定大一些，
然后设置 ABC之间的角度，这样应该结构就不会变化了。

相当于三角形最稳定的道理。
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2楼2012-03-13 23:26:14
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jessesunlu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-13 23:26:14:
设置冗余的 BOND 和 ANGLE 应该就行吧，
比方说三个原子 A B C  ，本来只有A与B成键  ，B与C成键

你人为的给AC之间加个键，键长就是AC之间的距离，并且键能给设定大一些，
然后设置 ABC之间的角度，这样应该 ...

恩  有这么想过  但是这样做整个体系的能量就改变了阿
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3楼2012-03-23 20:01:09
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