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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jessesunlu

新虫 (正式写手)

[交流] gromacs 固定分子内部结构 已有1人参与

gromacs用constraint 固定分子内部结构时候重复估计很多  常常出现lincs warning    有没有简单点的方法保持分子结构不变呢?  谢谢解答
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jiaoyixiong

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★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2012-03-14 08:03:31
设置冗余的 BOND 和 ANGLE 应该就行吧,
比方说三个原子 A B C  ,本来只有A与B成键  ,B与C成键

你人为的给AC之间加个键,键长就是AC之间的距离,并且键能给设定大一些,
然后设置 ABC之间的角度,这样应该结构就不会变化了。

相当于三角形最稳定的道理。
2楼2012-03-13 23:26:14
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jessesunlu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-13 23:26:14:
设置冗余的 BOND 和 ANGLE 应该就行吧,
比方说三个原子 A B C  ,本来只有A与B成键  ,B与C成键

你人为的给AC之间加个键,键长就是AC之间的距离,并且键能给设定大一些,
然后设置 ABC之间的角度,这样应该 ...

恩  有这么想过  但是这样做整个体系的能量就改变了阿
3楼2012-03-23 20:01:09
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