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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

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专业: 化学环境污染与健康

[求助] AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢

求问，我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子，出现如下问题
输入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

输出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time

Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit

请问怎么解决呢？其他还有什么办法准备小分子吗？谢谢

附上小分子文件，能帮忙试试的万分感谢

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附件 1 : 1.pdb

2012-03-10 16:34:21, 337.97 K

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1楼2012-03-10 16:38:24

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therotyonth

金虫 (正式写手)

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虫号: 2349854
注册: 2013-03-15
专业: 理论和计算化学

antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt
g03 1.com > 1.log
antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod
tleap -s -f leaprc.gaff
loadamberparams 1.frcmod
loadamberprep 1.prepi
这样就可以了哈！不过要使用gaussian计算的。推荐使用g03不要使用g09.