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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢

求问，我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子，出现如下问题
输入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

输出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
    Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time

Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit

请问怎么解决呢？ 其他还有什么办法准备小分子吗？谢谢

附上小分子文件，能帮忙试试的万分感谢
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  • 附件 1 : 1.pdb
    • 2012-03-10 16:34:21, 337.97 K

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1楼 2012-03-10 16:38:24
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
追加金币，继续求指导
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4楼2012-03-11 13:31:52
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-10 23:14:05
cfmzxf84(金币+12): ★★★很有帮助 谢谢，请问教程是？ 2012-03-10 23:38:44
首先看小分子的结构，确定是否是小分子结构有问题（我没看你小分子具体结构）。
小分子里面含有磷原子，需要特殊处理，见教程，这个教程我没练习。
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2楼2012-03-10 21:22:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-03-10 21:22:54:
首先看小分子的结构，确定是否是小分子结构有问题（我没看你小分子具体结构）。
小分子里面含有磷原子，需要特殊处理，见教程，这个教程我没练习。

谢谢，请问您说的教程是哪儿呢？ 官网的tutorial吗？ tutorial有很多章节，能具体一下吗？谢谢您
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-10 23:38:10
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 15:37:34
cfmzxf84(金币+10): ★有帮助 2012-03-12 17:27:13
你给配体加氢了吗？没加氢的话就会出现这样的错误。
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5楼2012-03-11 13:51:49
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