| 查看: 3893 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
cfmzxf84木虫 (正式写手)
|
[求助]
AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
|
||
|
求问，我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子，出现如下问题 输入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 输出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 请问怎么解决呢？ 其他还有什么办法准备小分子吗？谢谢 附上小分子文件，能帮忙试试的万分感谢 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 1.pdb
2012-03-10 16:34:21, 337.97 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量子化学资料 |
» 猜你喜欢
333求调剂
已经有10人回复
-
307求调剂
已经有3人回复
-
考研化学308分求调剂
已经有4人回复
-
298求调剂
已经有7人回复
-
263求调剂
已经有5人回复
-
276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历
已经有6人回复
-
求调剂材料学硕080500，总分289分
已经有21人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有8人回复
-
08工学调剂
已经有9人回复
-
291 求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于amber官网的第一个练习
已经有3人回复
- 请问准备小分子配体时，有的准备不成功，是什么原因？
已经有5人回复
- 雅思成绩刚出，求指导
已经有48人回复
- 小分子凝胶的手性分子识别
已经有22人回复
- 基于小分子配体的药物设计---sybyl 纠结中......
已经有10人回复
- antechamber遇到问题
已经有5人回复
- 配体交换法如果纳米粒子表面没有配体，可以用与其表面有配位能力的聚合物与之相配位
已经有3人回复
- aspen求指导、谢谢各位
已经有7人回复
- Amber的轨迹处理问题
已经有3人回复
- 我的小分子多糖怎么除盐 求指导
已经有6人回复
- 终极问题求指导？
已经有4人回复
- 使用antechamber生成resp电荷时报错
已经有6人回复
- 为什么我用AMBER模拟两个小分子可以，三个小分子就不行呢？
已经有7人回复
- AMBER的amberpdb命令出错问题
已经有4人回复
- Amber tools 中的antechamber 必须要在安装了amber11的前体下才能使用么?
已经有4人回复
- sybyl中的配体提取和准备问题
已经有7人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
已经有8人回复
- 【求助】打算从amber学起
已经有16人回复
cfmzxf84
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5003.4
- 散金: 822
- 红花: 1
- 帖子: 908
- 在线: 328.6小时
- 虫号: 814536
- 注册: 2009-07-23
- 专业: 化学环境污染与健康
3楼2012-03-10 23:38:10
苹果变菠萝
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2125.7
- 散金: 52
- 红花: 3
- 帖子: 181
- 在线: 175.9小时
- 虫号: 1186835
- 注册: 2011-01-10
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
2楼2012-03-10 21:22:54
cfmzxf84
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5003.4
- 散金: 822
- 红花: 1
- 帖子: 908
- 在线: 328.6小时
- 虫号: 814536
- 注册: 2009-07-23
- 专业: 化学环境污染与健康
4楼2012-03-11 13:31:52
fmtzhangli
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1311.3
- 红花: 1
- 帖子: 73
- 在线: 132.5小时
- 虫号: 908286
- 注册: 2009-11-20
- 专业: 生物信息学
5楼2012-03-11 13:51:49
