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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢

求问，我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子，出现如下问题
输入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

输出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
    Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time

Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit

请问怎么解决呢？ 其他还有什么办法准备小分子吗？谢谢

附上小分子文件，能帮忙试试的万分感谢
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    • 2012-03-10 16:34:21, 337.97 K

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1楼 2012-03-10 16:38:24
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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-10 23:14:05
cfmzxf84(金币+12): ★★★很有帮助 谢谢，请问教程是？ 2012-03-10 23:38:44
首先看小分子的结构，确定是否是小分子结构有问题（我没看你小分子具体结构）。
小分子里面含有磷原子，需要特殊处理，见教程，这个教程我没练习。
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2楼2012-03-10 21:22:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-03-10 21:22:54:
首先看小分子的结构，确定是否是小分子结构有问题（我没看你小分子具体结构）。
小分子里面含有磷原子，需要特殊处理，见教程，这个教程我没练习。

谢谢，请问您说的教程是哪儿呢？ 官网的tutorial吗？ tutorial有很多章节，能具体一下吗？谢谢您
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3楼2012-03-10 23:38:10
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
追加金币，继续求指导
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4楼2012-03-11 13:31:52
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 15:37:34
cfmzxf84(金币+10): ★有帮助 2012-03-12 17:27:13
你给配体加氢了吗？没加氢的话就会出现这样的错误。
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5楼2012-03-11 13:51:49
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godcook

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 15:37:41
cfmzxf84(金币+58): ★★★★★最佳答案, 高斯确实很有用，谢谢 2012-03-12 17:27:56
还是我来帮你解决吧，你这小分子有F，有磷，还有这么多键，antechamber能处理的了就奇了怪了。果断用高斯。
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6楼2012-03-11 14:19:16
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ssn319227

新虫 (初入文坛)
你好，我看到你之前留得amber11准备小分子信息时出现这个错误Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
我想请教一下，这个问题你后来怎么解决的？谢谢
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7楼2014-06-24 10:39:11
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cxq1989

新虫 (初入文坛)
你 是 要用这个处理配体？先看看 这个教程吧。
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
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nevergiveup!!
8楼2015-07-05 22:05:59
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therotyonth

金虫 (正式写手)
antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt
g03 1.com > 1.log
antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod
tleap -s -f leaprc.gaff
loadamberparams 1.frcmod
loadamberprep 1.prepi
这样就可以了哈！不过要使用gaussian计算的。推荐使用g03不要使用g09.
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9楼2015-07-16 09:18:50
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tongmq

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by therotyonth at 2015-07-16 09:18:50
antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt
g03 1.com > 1.log
antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod
tleap -s -f leaprc ...

您好，我按照您上面给出的命令，第一步没问题，能够生成1.com。但是，输入g03 1.com > 1.log命令时，出现：g03: command not found？请问该怎么解决呢？
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10楼2019-08-06 08:59:21
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