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cfmzxf84木虫 (正式写手)
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AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
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求问，我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子，出现如下问题 输入：chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 输出：Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit 请问怎么解决呢？ 其他还有什么办法准备小分子吗？谢谢 附上小分子文件，能帮忙试试的万分感谢 |
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2012-03-10 16:34:21, 337.97 K
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你 是 要用这个处理配体？先看看 这个教程吧。
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