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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题,求指导方法,谢谢

求问,我使用AMBER11的antechamber准备配体小分子,出现如下问题
输入:chen@ubuntu:~/pre$ antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2

输出:Running: /home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
    Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time

Error: cannot run "/home/chen/soft/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit

请问怎么解决呢? 其他还有什么办法准备小分子吗?谢谢

附上小分子文件,能帮忙试试的万分感谢
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  • 2012-03-10 16:34:21, 337.97 K

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苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-10 23:14:05
cfmzxf84(金币+12): ★★★很有帮助 谢谢,请问教程是? 2012-03-10 23:38:44
首先看小分子的结构,确定是否是小分子结构有问题(我没看你小分子具体结构)。
小分子里面含有磷原子,需要特殊处理,见教程,这个教程我没练习。
2楼2012-03-10 21:22:54
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by 苹果变菠萝 at 2012-03-10 21:22:54:
首先看小分子的结构,确定是否是小分子结构有问题(我没看你小分子具体结构)。
小分子里面含有磷原子,需要特殊处理,见教程,这个教程我没练习。

谢谢,请问您说的教程是哪儿呢? 官网的tutorial吗? tutorial有很多章节,能具体一下吗?谢谢您
3楼2012-03-10 23:38:10
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

追加金币,继续求指导
4楼2012-03-11 13:31:52
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 15:37:34
cfmzxf84(金币+10): 有帮助 2012-03-12 17:27:13
你给配体加氢了吗?没加氢的话就会出现这样的错误。
5楼2012-03-11 13:51:49
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godcook

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2012-03-11 15:37:41
cfmzxf84(金币+58): ★★★★★最佳答案, 高斯确实很有用,谢谢 2012-03-12 17:27:56
还是我来帮你解决吧,你这小分子有F,有磷,还有这么多键,antechamber能处理的了就奇了怪了。果断用高斯。
6楼2012-03-11 14:19:16
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ssn319227

新虫 (初入文坛)

你好,我看到你之前留得amber11准备小分子信息时出现这个错误Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
我想请教一下,这个问题你后来怎么解决的?谢谢
7楼2014-06-24 10:39:11
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cxq1989

新虫 (初入文坛)

你 是 要用这个处理配体?先看看 这个教程吧。
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
nevergiveup!!
8楼2015-07-05 22:05:59
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therotyonth

金虫 (正式写手)

antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt
g03 1.com > 1.log
antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod
tleap -s -f leaprc.gaff
loadamberparams 1.frcmod
loadamberprep 1.prepi
这样就可以了哈!不过要使用gaussian计算的。推荐使用g03不要使用g09.
9楼2015-07-16 09:18:50
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tongmq

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by therotyonth at 2015-07-16 09:18:50
antechamber -i 1.pdb -fi pdb -o 1.com -fo gcrt
g03 1.com > 1.log
antechamber -i 1.log -fi gout -o 1.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk -i 1.prepi -f prepi -o 1.frcmod
tleap -s -f leaprc ...

您好,我按照您上面给出的命令,第一步没问题,能够生成1.com。但是,输入g03 1.com > 1.log命令时,出现:g03: command not found?请问该怎么解决呢?

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  • 2019-08-06 08:59:15, 10.75 K
10楼2019-08-06 08:59:21
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