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发现了beta actin作为内参的一个漏洞
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众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果： 1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因  这是ACTB的ID  这是POTE的ID 2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度  俩基因的blast结果 3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？  对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列 最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢 [ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ] |
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孙启亮(金币+1):谢谢参与
孙启亮12楼
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