24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 9242  |  回复: 25
本帖产生 2 个 MolEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

[交流] 发现了beta actin作为内参的一个漏洞

众所周知,β-actin作为基因定量或定性的内参,在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin(gene ID:60,以下简称ACTB)进行引物设计的时候,利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外,还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族(gene ID:445582)的基因,于是小虫对俩基因进行了blast,结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似!下面是详细结果:
    1.首先,ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同,证明这完全是两个不同的基因

这是ACTB的ID



这是POTE的ID
    2.其次,俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度

俩基因的blast结果
   3.再次,正因为俩基因的相似,所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段,虽然扩增产物大小相同结构也极相似,但是由于他们是两个不同的基因,所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量,这就不是对定量产生错误吗?

对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果,因为迫于保密,所以未上传我的引物序列


最后,基于我碰到的问题,有虫友能解释一下吗?同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响,所以建议版主将此帖强调一下,谢谢

[ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

【分子生物】EPI帖 收藏 杂项 基因课表

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
: Originally posted by cindybrella at 2012-03-03 21:39:59:
啊啊啊?

以上有我提供的俩基因ID,有兴趣的话可以自己操作一下,期望与你深度交流
3楼2012-03-03 21:41:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by exon2002 at 2012-03-04 05:39:31:
对楼主的细心表示很敬佩!这确实是一个问题了。我的看法有二,其一是要查一下POTE与b-actin的关系,二者是否有生物学同源性。来自于同一个基因或进化上的部分保留的情况常见。甚至在翻译后做了某种修饰就成了另外 ...

谢谢解释,我会做下进化树。同时我还有一个疑问,以总体作为模板的话不就是人为的使模板加倍了吗(而且不清楚加多少倍)?这样就会对定量产生了影响,能不能详细说明下这种影响?谢谢
7楼2012-03-04 10:11:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
: Originally posted by quiller2000 at 2012-03-04 09:37:28:
实际上很多的reference gene现在都被证明并不是万能的,因此,一般在选择内参的时候要选择在当前的条件下或者正在研究的细胞响应过程中是保持稳定的,这一点儿在细菌中非常常见。正因为如此,很多课题组现在都采用 ...

您的解释很有水平,但是我有部分语句不是很明白,我再检索下资料,争取把您的解释完全弄懂,谢谢
8楼2012-03-04 10:16:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by tianping at 2012-03-14 23:57:54:
常用看家基因,比如18s,gapdh, beta-actin等,并不一定适合用来做定量,已经有许多文章讨论这个问题了。在2003年左右芯片技术正红的时候,已经有文章探讨如何从芯片数据中挖掘更多的看家基因,这方面的文章许多发 ...

听君一席话,胜读百篇文献
17楼2012-03-15 08:19:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by decloud at 2012-03-31 12:54:25:
ACTB expression might be slightly increased in cancer cells.
And for your question, i would recommend to check whether they are the same one but with different names. If not same, check about the  ...

there are almost no articles researching POTE in human cells,so i can not get enough information about this gene.in my knowledge,POTE only partly similar to ACTB mRNA,so in myopinion ,they are not the same,but PCR products arethe same
20楼2012-03-31 13:11:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
21楼: Originally posted by xujian568 at 2012-04-01 18:04:24:
agree with decloud!

who is decloud?
22楼2012-04-01 19:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
孙启亮12楼
2012-03-06 09:32   回复  
引用回帖:
11楼: Originally posted by 斯多格格 at 2012-03-06 09:15:44: 这个未免牵强了吧?

相关版块跳转 我要订阅楼主 孙启亮 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见