应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 发现了beta actin作为内参的一个漏洞
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 9804  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 MolEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

孙启亮

金虫 (著名写手)

[交流] 发现了beta actin作为内参的一个漏洞

众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果：
    1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因

这是ACTB的ID



这是POTE的ID
    2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度

俩基因的blast结果
   3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？

对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列


最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢

[ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

【分子生物】EPI帖 收藏 杂项 基因课表

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

moyun333 atlanticwi zugur

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-03-03 21:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孙启亮

金虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by xujian568 at 2012-04-01 18:04:24:
agree with decloud!

who is decloud?
回复此楼
22楼2012-04-01 19:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 26 个回答

孙启亮

金虫 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by cindybrella at 2012-03-03 21:39:59:
啊啊啊？

以上有我提供的俩基因ID，有兴趣的话可以自己操作一下，期望与你深度交流
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-03 21:41:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xsm918

铁虫 (小有名气)
★
孙启亮(金币+1):谢谢参与
你设计的引物还不够特异！
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-04 01:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
★
孙启亮(金币+1):谢谢参与
对楼主的细心表示很敬佩！这确实是一个问题了。我的看法有二，其一是要查一下POTE与b-actin的关系，二者是否有生物学同源性。来自于同一个基因或进化上的部分保留的情况常见。甚至在翻译后做了某种修饰就成了另外一种蛋白去行使不同或相似的功能的情况也常见。其二，即使两个蛋白的序列及其相似，使得我们的内参不如以前想象的那么清晰，但是以总体作为内参也有效，只是其真正的来源不明朗而已。这个疑问可以通过基因表达调查而澄清。所以用b-actin做内参的同仁不必惊慌。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-03-04 05:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
dongfang129楼
2012-03-04 14:52   回复  
孙启亮(金币+1):谢谢参与
孙启亮12楼
2012-03-06 09:32   回复  
引用回帖:
11楼: Originally posted by 斯多格格 at 2012-03-06 09:15:44: 这个未免牵强了吧？

查看全部 26 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 0703 化学 求调剂，一志愿山东大学 342 分 +4 Shern—- 2026-03-28 4/200 2026-03-29 00:47 by 544594351
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求调剂 +5 0857求调剂. 2026-03-24 6/300 2026-03-28 22:04 by zhq0425
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +7 1428151015 2026-03-27 7/350 2026-03-28 19:58 by S240
[考研] 一志愿华北电力大学能动专硕，293，求调剂 +3 15537177284 2026-03-23 5/250 2026-03-28 16:11 by xxxsssccc
[考研] 化学0703 调剂 306分 一志愿211 +4 26要上岸 2026-03-28 4/200 2026-03-28 15:30 by 1018329917
[考研] 286求调剂 +4 丢掉懒惰 2026-03-27 7/350 2026-03-28 08:07 by baoball
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 0703化学一志愿南京师范大学303求调剂 +3 zzffylgg 2026-03-24 3/150 2026-03-27 10:42 by shangxh
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 总分293求调剂 +6 加一一九 2026-03-25 8/400 2026-03-26 13:30 by yujianx
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭