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发现了beta actin作为内参的一个漏洞
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众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果： 1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因  这是ACTB的ID  这是POTE的ID 2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度  俩基因的blast结果 3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？  对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列 最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢 [ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ] |
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送鲜花一朵
西瓜: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-31 16:57:57
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵西瓜: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-31 16:57:57
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嗯........ 刚从qPCR的贴子转过来  这些实验都是针对Homo Sapiens的吗？我是做植物的，不是太了解 查了查资料，POTE蛋白的作用现在还是未知是吗，看到说其是在癌症细胞中才会存在，正常体内丰度很低？（不了解这个领域，不知这样说是否合适） 这个网站似乎只是从结构上推断了两者联系http://www.biograph.be/concept/graph/C1384510/C1837146 还有这么一篇文献： A primate-specific POTE-actin fusion protein plays a role in apoptosis 不知是否有何暗示呢.......对这个问题很感兴趣，但非相关专业很吃力，希望能看到楼主在这个问题上的进展  |
18楼2012-03-30 22:31:41
3楼2012-03-03 21:41:53
4楼2012-03-04 01:58:11
5楼2012-03-04 05:39:31
简单回复
2012-03-04 14:52
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孙启亮(金币+1):谢谢参与
孙启亮12楼
2012-03-06 09:32
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