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孙启亮

金虫 (著名写手)

[交流] 发现了beta actin作为内参的一个漏洞

众所周知，β-actin作为基因定量或定性的内参，在PCR实验中有着广泛应用。但是小虫在对人β-actin（gene ID:60，以下简称ACTB）进行引物设计的时候，利用primer-blast对引物分析的时候发现引物除了能扩增出ACTB外，还能扩增出一个编码POTE锚蛋白域家族（gene ID：445582）的基因，于是小虫对俩基因进行了blast，结果发现ACTB cDNA全序列与POTE锚蛋白家族基因CDNA部分序列有着惊人的相似！下面是详细结果：
1.首先，ACTB和POTE锚蛋白基因ID不同，证明这完全是两个不同的基因

这是ACTB的ID

这是POTE的ID
2.其次，俩基因blast结果显示ACTB的全CDNA序列与POTE部分CDNA序列有着惊人的相似度

俩基因的blast结果
3.再次，正因为俩基因的相似，所以在对人ACTB进行引物设计的时候总是能扩增出POTE的部分片段，虽然扩增产物大小相同结构也极相似，但是由于他们是两个不同的基因，所以在已ACTB作为内参的时候实际上增加了初始模板量，这就不是对定量产生错误吗？

对我设计的人ACTB引物进行primer-blast结果，因为迫于保密，所以未上传我的引物序列

最后，基于我碰到的问题，有虫友能解释一下吗？同时因为这个问题如果得不到解释会对很多人的科研情况产生影响，所以建议版主将此帖强调一下，谢谢

[ Last edited by 孙启亮 on 2012-3-3 at 21:37 ]

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1楼2012-03-03 21:24:53

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atlanticwi

金虫 (正式写手)

MolEPI: 25
应助: 138 (高中生)
金币: 141.2
帖子: 536
在线: 313.2小时
虫号: 1099992

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

送鲜花一朵
西瓜: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-31 16:57:57

嗯........
刚从qPCR的贴子转过来

这些实验都是针对Homo Sapiens的吗？我是做植物的，不是太了解
查了查资料，POTE蛋白的作用现在还是未知是吗，看到说其是在癌症细胞中才会存在，正常体内丰度很低？（不了解这个领域，不知这样说是否合适）
这个网站似乎只是从结构上推断了两者联系http://www.biograph.be/concept/graph/C1384510/C1837146
还有这么一篇文献：
A primate-specific POTE-actin fusion protein plays a role in apoptosis
不知是否有何暗示呢.......对这个问题很感兴趣，但非相关专业很吃力，希望能看到楼主在这个问题上的进展

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18楼2012-03-30 22:31:41

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