应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
151/1返回列表
查看: 5906  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？

我今天用SwissModel预测某蛋白结构，该蛋白共270个氨基酸残基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构，为啥。。。是因为找不到同源template吗？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

星晴xinqing

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-02-27 15:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
大神出现吧！
回复此楼
2楼2012-02-27 15:39:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的，如果模板比你要预测的蛋白序列更短，多余部分是不能建模的。
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-27 18:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-27 20:02:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Echosc

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
并建议一下，建模比对完了之后，要看精细结构建议用软件BallViewer，别用RasMol
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-27 20:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星晴xinqing

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
送鲜花一朵
马上也要做这方面的东西了，学习一下
赞一下 回复此楼
6楼2012-02-28 10:20:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by imyting at 2012-02-27 20:02:21:
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的

DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧
赞一下 回复此楼
7楼2012-02-28 10:45:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧

discovery studio
赞一下 回复此楼
8楼2012-02-28 15:06:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
有可能其它的氨基酸是不形成结构的，你再单独拿其它的氨基酸建一下模试试，要是还是没有三级结构，那多半是这部分没有规则的结构
赞一下 回复此楼
9楼2012-02-29 12:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧

你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软件死活找不到。教程上这一部分都省略，不知是自己没好好看，还是教程上没有的缘故。希望得到解答，谢谢！

[ Last edited by sk8er8irl on 2012-2-29 at 15:46 ]
赞一下 回复此楼
10楼2012-02-29 15:45:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软 ...

在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sk8er8irl
11楼2012-02-29 16:41:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

谢谢，确实是这样。
不知你有没有用PDB Viewer做过突变分析？我现在想用这个软件做某基因一些致病性位点突变的分析，分析突变前后三维结构的改变，是否可行？e.g. 我将183位点的Glu突变为Lys，显示出的Cartoon结构感觉前后没有差异。。。
谢谢继续予以指导！
赞一下 回复此楼
12楼2012-02-29 17:09:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

完全可行，突变后，通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可，挺方便的。
赞一下 回复此楼
13楼2012-03-01 16:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-03-01 16:20:16:
完全可行，突变后，通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可，挺方便的。

谢谢，可惜做不出什么三维结构的差异来。。
赞一下 回复此楼
14楼2012-03-01 16:36:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枯荷

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://swissmodel.expasy.org/可以用这个网页在线预测
赞一下 回复此楼
15楼2012-03-27 20:16:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sk8er8irl 的主题更新
151/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 72/3600 2026-08-16 13:15 by 医学老男孩
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +12 archvillain 2026-08-15 23/1150 2026-08-15 20:47 by foyo404
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭