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用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
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sk8er8irl
铁虫
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[交流]
用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
我今天用SwissModel预测某蛋白结构,该蛋白共270个氨基酸残基,但只能得到Modelled residue range: 2 to 212 的氨基酸的三维结构,为啥。。。是因为找不到同源template吗?
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星晴xinqing
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2012-02-27 15:09:40
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doublehelix
木虫
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小木虫(金币
+0.5
):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼
:
Originally posted by
sk8er8irl
at 2012-02-29 15:45:07:
你好,似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化,我知道如何着色,可是怎么一直显示的是化学骨架,而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢?很困惑,因为其他软件都很好搞定的,这个软 ...
在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
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sk8er8irl
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11楼
2012-02-29 16:41:00
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lxj341401
至尊木虫
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★
sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的,如果模板比你要预测的蛋白序列更短,多余部分是不能建模的。
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3楼
2012-02-27 18:51:55
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imyting
至尊木虫
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧,SWISS-MODEL不准的
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4楼
2012-02-27 20:02:21
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Echosc
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★
sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
并建议一下,建模比对完了之后,要看精细结构建议用软件BallViewer,别用RasMol
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5楼
2012-02-27 20:07:52
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