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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？

我今天用SwissModel预测某蛋白结构，该蛋白共270个氨基酸残基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构，为啥。。。是因为找不到同源template吗？
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星晴xinqing

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1楼2012-02-27 15:09:40
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软 ...

在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
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sk8er8irl
11楼2012-02-29 16:41:00
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的，如果模板比你要预测的蛋白序列更短，多余部分是不能建模的。
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3楼2012-02-27 18:51:55
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的
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4楼2012-02-27 20:02:21
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Echosc

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
并建议一下，建模比对完了之后，要看精细结构建议用软件BallViewer，别用RasMol
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5楼2012-02-27 20:07:52
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