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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？

我今天用SwissModel预测某蛋白结构，该蛋白共270个氨基酸残基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构，为啥。。。是因为找不到同源template吗？
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星晴xinqing

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1楼 2012-02-27 15:09:40
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
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4楼: Originally posted by imyting at 2012-02-27 20:02:21:
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的

DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧
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7楼2012-02-28 10:45:57
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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10楼: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软 ...

在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
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sk8er8irl
11楼2012-02-29 16:41:00
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

完全可行，突变后，通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可，挺方便的。
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13楼2012-03-01 16:20:16
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