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用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
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sk8er8irl
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[交流]
用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
我今天用SwissModel预测某蛋白结构,该蛋白共270个氨基酸残基,但只能得到Modelled residue range: 2 to 212 的氨基酸的三维结构,为啥。。。是因为找不到同源template吗?
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星晴xinqing
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2012-02-27 15:09:40
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楼
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Originally posted by
doublehelix
at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
谢谢,确实是这样。
不知你有没有用PDB Viewer做过突变分析?我现在想用这个软件做某基因一些致病性位点突变的分析,分析突变前后三维结构的改变,是否可行?e.g. 我将183位点的Glu突变为Lys,显示出的Cartoon结构感觉前后没有差异。。。
谢谢继续予以指导!
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12楼
2012-02-29 17:09:07
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lxj341401
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的,如果模板比你要预测的蛋白序列更短,多余部分是不能建模的。
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3楼
2012-02-27 18:51:55
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imyting
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧,SWISS-MODEL不准的
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4楼
2012-02-27 20:02:21
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Echosc
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
并建议一下,建模比对完了之后,要看精细结构建议用软件BallViewer,别用RasMol
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5楼
2012-02-27 20:07:52
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