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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？

我今天用SwissModel预测某蛋白结构，该蛋白共270个氨基酸残基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构，为啥。。。是因为找不到同源template吗？
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1楼 2012-02-27 15:09:40
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

谢谢，确实是这样。
不知你有没有用PDB Viewer做过突变分析？我现在想用这个软件做某基因一些致病性位点突变的分析，分析突变前后三维结构的改变，是否可行？e.g. 我将183位点的Glu突变为Lys，显示出的Cartoon结构感觉前后没有差异。。。
谢谢继续予以指导！
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12楼2012-02-29 17:09:07
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的，如果模板比你要预测的蛋白序列更短，多余部分是不能建模的。
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3楼2012-02-27 18:51:55
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的
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4楼2012-02-27 20:02:21
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Echosc

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
并建议一下，建模比对完了之后，要看精细结构建议用软件BallViewer，别用RasMol
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5楼2012-02-27 20:07:52
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