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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)

[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？

我今天用SwissModel预测某蛋白结构，该蛋白共270个氨基酸残基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构，为啥。。。是因为找不到同源template吗？
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星晴xinqing

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1楼 2012-02-27 15:09:40
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回帖置顶 ( 共有2个 )

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧

你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软件死活找不到。教程上这一部分都省略，不知是自己没好好看，还是教程上没有的缘故。希望得到解答，谢谢！

[ Last edited by sk8er8irl on 2012-2-29 at 15:46 ]
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10楼2012-02-29 15:45:07
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

谢谢，确实是这样。
不知你有没有用PDB Viewer做过突变分析？我现在想用这个软件做某基因一些致病性位点突变的分析，分析突变前后三维结构的改变，是否可行？e.g. 我将183位点的Glu突变为Lys，显示出的Cartoon结构感觉前后没有差异。。。
谢谢继续予以指导！
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12楼2012-02-29 17:09:07
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普通回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
大神出现吧！
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2楼2012-02-27 15:39:35
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的，如果模板比你要预测的蛋白序列更短，多余部分是不能建模的。
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3楼2012-02-27 18:51:55
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的
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4楼2012-02-27 20:02:21
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Echosc

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
并建议一下，建模比对完了之后，要看精细结构建议用软件BallViewer，别用RasMol
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5楼2012-02-27 20:07:52
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星晴xinqing

新虫 (初入文坛)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
送鲜花一朵
马上也要做这方面的东西了，学习一下
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6楼2012-02-28 10:20:14
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by imyting at 2012-02-27 20:02:21:
用DS中的预测模块试试吧，SWISS-MODEL不准的

DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧
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7楼2012-02-28 10:45:57
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？两者还是SWISS-MODEL准吧

discovery studio
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8楼2012-02-28 15:06:05
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ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
有可能其它的氨基酸是不形成结构的，你再单独拿其它的氨基酸建一下模试试，要是还是没有三级结构，那多半是这部分没有规则的结构
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9楼2012-02-29 12:38:43
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好，似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化，我知道如何着色，可是怎么一直显示的是化学骨架，而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢？很困惑，因为其他软件都很好搞定的，这个软 ...

在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。
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sk8er8irl
11楼2012-02-29 16:41:00
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

完全可行，突变后，通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可，挺方便的。
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13楼2012-03-01 16:20:16
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by doublehelix at 2012-03-01 16:20:16:
完全可行，突变后，通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可，挺方便的。

谢谢，可惜做不出什么三维结构的差异来。。
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14楼2012-03-01 16:36:00
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枯荷

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://swissmodel.expasy.org/可以用这个网页在线预测
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15楼2012-03-27 20:16:41
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