24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 5529  |  回复: 14

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


[交流] 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?

我今天用SwissModel预测某蛋白结构,该蛋白共270个氨基酸残基,但只能得到Modelled residue range: 2 to 212  的氨基酸的三维结构,为啥。。。是因为找不到同源template吗?
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


大神出现吧!
2楼2012-02-27 15:39:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的,如果模板比你要预测的蛋白序列更短,多余部分是不能建模的。
3楼2012-02-27 18:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)



sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧,SWISS-MODEL不准的
4楼2012-02-27 20:02:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Echosc

新虫 (初入文坛)



sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
并建议一下,建模比对完了之后,要看精细结构建议用软件BallViewer,别用RasMol
5楼2012-02-27 20:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星晴xinqing

新虫 (初入文坛)



sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
送鲜花一朵
马上也要做这方面的东西了,学习一下
6楼2012-02-28 10:20:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)



sk8er8irl(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by imyting at 2012-02-27 20:02:21:
用DS中的预测模块试试吧,SWISS-MODEL不准的

DS是指什么?是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r?两者还是SWISS-MODEL准吧
7楼2012-02-28 10:45:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么?是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r?两者还是SWISS-MODEL准吧

discovery studio
8楼2012-02-28 15:06:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
有可能其它的氨基酸是不形成结构的,你再单独拿其它的氨基酸建一下模试试,要是还是没有三级结构,那多半是这部分没有规则的结构
9楼2012-02-29 12:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


引用回帖:
: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么?是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r?两者还是SWISS-MODEL准吧

你好,似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化,我知道如何着色,可是怎么一直显示的是化学骨架,而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢?很困惑,因为其他软件都很好搞定的,这个软件死活找不到。教程上这一部分都省略,不知是自己没好好看,还是教程上没有的缘故。希望得到解答,谢谢!

[ Last edited by sk8er8irl on 2012-2-29 at 15:46 ]
10楼2012-02-29 15:45:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好,似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化,我知道如何着色,可是怎么一直显示的是化学骨架,而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢?很困惑,因为其他软件都很好搞定的,这个软 ...

在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

11楼2012-02-29 16:41:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

谢谢,确实是这样。
不知你有没有用PDB Viewer做过突变分析?我现在想用这个软件做某基因一些致病性位点突变的分析,分析突变前后三维结构的改变,是否可行?e.g. 我将183位点的Glu突变为Lys,显示出的Cartoon结构感觉前后没有差异。。。
谢谢继续予以指导!
12楼2012-02-29 17:09:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

doublehelix

木虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。

完全可行,突变后,通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可,挺方便的。
13楼2012-03-01 16:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


引用回帖:
: Originally posted by doublehelix at 2012-03-01 16:20:16:
完全可行,突变后,通过homology modeling建模,再在该软件中分析即可,挺方便的。

谢谢,可惜做不出什么三维结构的差异来。。
14楼2012-03-01 16:36:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枯荷

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
http://swissmodel.expasy.org/可以用这个网页在线预测
15楼2012-03-27 20:16:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sk8er8irl 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料科学与工程320求调剂,080500 +11 黄瓜味薯片 2026-04-06 11/550 2026-04-08 15:25 by screening
[考研] 一志愿生物与医药,296分,求调剂 +14 66鹿 2026-04-03 16/800 2026-04-08 10:38 by tjzhao
[考研] 0703化学调剂325分 +13 15771691647 2026-04-04 14/700 2026-04-08 10:28 by screening
[考研] 求调剂 +28 111623 2026-04-04 33/1650 2026-04-08 09:24 by 泽润东方
[考研] 266调剂 +6 daya sun 2026-04-07 7/350 2026-04-08 08:59 by 蓝云思雨
[考研] 307求调剂 +3 Youth@@ 2026-04-07 3/150 2026-04-07 22:00 by hemengdong
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +12 哇呼哼呼哼 2026-04-01 13/650 2026-04-07 10:02 by zhen~
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9,326分 +6 刘墨墨 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:36 by lijunpoly
[考研] 318求调剂 +12 ykyhsa 2026-04-05 14/700 2026-04-06 17:46 by fuyu_
[考研] 085405软件工程301分求调剂,专硕可跨专业,四六级已过 +3 静静想想 2026-04-05 3/150 2026-04-06 15:23 by nepu_uu
[考研] 第一志愿东南大学物理313,有科研竞赛获奖经历,希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 271分求调剂学校 +12 zph158488! 2026-04-02 13/650 2026-04-05 10:13 by lqwchd
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 材料340分调剂 +7 夏夜晚风_long 2026-04-02 9/450 2026-04-02 21:20 by dongzh2009
信息提示
请填处理意见