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用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
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sk8er8irl
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用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构,why?
我今天用SwissModel预测某蛋白结构,该蛋白共270个氨基酸残基,但只能得到Modelled residue range: 2 to 212 的氨基酸的三维结构,为啥。。。是因为找不到同源template吗?
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2012-02-27 15:09:40
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楼
:
Originally posted by
doublehelix
at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么?是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r?两者还是SWISS-MODEL准吧
你好,似乎你对pdb viewer比较有研究。我今天在用它进行可视化,我知道如何着色,可是怎么一直显示的是化学骨架,而找不到怎么显示new cartoon之类的条带模型呢?很困惑,因为其他软件都很好搞定的,这个软件死活找不到。教程上这一部分都省略,不知是自己没好好看,还是教程上没有的缘故。希望得到解答,谢谢!
[
Last edited by sk8er8irl on 2012-2-29 at 15:46
]
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2012-02-29 15:45:07
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+1
):谢谢参与
SwissModel预测蛋白结构只能根据模板来建模的,如果模板比你要预测的蛋白序列更短,多余部分是不能建模的。
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3楼
2012-02-27 18:51:55
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
用DS中的预测模块试试吧,SWISS-MODEL不准的
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4楼
2012-02-27 20:02:21
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Echosc
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sk8er8irl(金币
+1
):谢谢参与
并建议一下,建模比对完了之后,要看精细结构建议用软件BallViewer,别用RasMol
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5楼
2012-02-27 20:07:52
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