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flytime1115

铜虫 (初入文坛)

[求助] 有木有人做过Taqman 探针法Real-Time?? 已有1人参与

我要检测基因组中插入的某个外源片段的拷贝数,需要做绝对定量。师兄建议不要用sybr 燃料做,建议用探针法做。现在毫无头绪,不知道怎么设计,怎么合成?望各位高人指点一下……
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love_st

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
设计引物探针,构建质粒,定量
2楼2011-12-22 16:45:28
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shaquila

金虫 (正式写手)

★ ★
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-12-22 18:29:07
楼主做的是专基因检测吗?如果是,那不建议用荧光定量,主流的方法用SOUTHERN杂交。TAQMAN可以让公司设计合成,sybr法也能做,两种方法没有质变
3楼2011-12-22 18:04:14
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flytime1115

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by shaquila at 2011-12-22 18:04:14:
楼主做的是专基因检测吗?如果是,那不建议用荧光定量,主流的方法用SOUTHERN杂交。TAQMAN可以让公司设计合成,sybr法也能做,两种方法没有质变

是做转基因检测,southern杂交在做,可是无法确定拷贝数,仅仅根据灰度值判断,觉得不太靠谱
4楼2011-12-22 19:37:05
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flytime1115

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by love_st at 2011-12-22 16:45:28:
设计引物探针,构建质粒,定量

探针怎么设计?我的是siRNA片段,发卡结构,应该设计在哪段?
5楼2011-12-22 19:38:04
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shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wanhscn(金币+1): 鼓励交流 2011-12-24 17:09:16
判断拷贝数用单酶切来判断,用两个以上酶来单切,这个是目前公认最有效的方法
6楼2011-12-22 23:55:56
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austin2008

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by shaquila at 2011-12-22 23:55:56:
判断拷贝数用单酶切来判断,用两个以上酶来单切,这个是目前公认最有效的方法

是将基因组DNA单酶切,这样准确么,如何定量还是个问题?!请贴出相关参考文献
优秀是一种习惯;生命是一种过程;放弃是一种智慧;缺点是一种恩惠!
7楼2011-12-23 09:01:32
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austin2008

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shaquila at 2011-12-22 18:04:14:
楼主做的是专基因检测吗?如果是,那不建议用荧光定量,主流的方法用SOUTHERN杂交。TAQMAN可以让公司设计合成,sybr法也能做,两种方法没有质变

SOUTHERN杂交的方法早就过时了吧,是很传统的方法,拷贝数较少检测尚且可以,拷贝数越多检测越不准确,重复性也不好,而且样品较多的时候费用比较高
优秀是一种习惯;生命是一种过程;放弃是一种智慧;缺点是一种恩惠!
8楼2011-12-23 09:03:35
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austin2008

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wanhscn(金币+2): 感谢参与交流 2011-12-24 17:09:48
wanhscn(金币+2): 感谢参与交流 2011-12-24 17:11:02
我做过检测重组毕赤酵母中外源基因拷贝数的实验,用的就是探针法,内参用的是GAPDH,检测的准确度和重复性还是很好的!引物和探针你自己不要设计,交给专业的设计公司设计和合成,也不是很贵,国内的公司一套探针引物(包括上下游引物,探针)也就1200+吧,国外的ABI等公司合成一般要贵一倍左右,一般可以做1500-2000个样品。SYBY法不是很准确,精确定量最好还是用探针法,我的实验用的样品的基因组DNA和你的不大一样,不过原理差不多的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

优秀是一种习惯;生命是一种过程;放弃是一种智慧;缺点是一种恩惠!
9楼2011-12-23 09:16:52
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shaquila

金虫 (正式写手)

★ ★
wanhscn(金币+2): good 2011-12-24 17:10:10
引用回帖:
8楼: Originally posted by austin2008 at 2011-12-23 09:03:35:
SOUTHERN杂交的方法早就过时了吧,是很传统的方法,拷贝数较少检测尚且可以,拷贝数越多检测越不准确,重复性也不好,而且样品较多的时候费用比较高

还好吧,转基因能插入多少多少拷贝呢,至少在植物转化中,几乎所有文献都是用southern杂交检测,有尝试过用荧光定量,但是效果显然不如此法准确,至少存在争议

下面是探讨用荧光定量验证植物转基因拷贝数的文献

Two-fold differences are the detection limit for determining transgene copy numbers in plants by real-time PCR

Estimating the number of integrations in transformed plants by quantitative real-time PCR

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2011-12-23 10:00:20
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