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undergoer

铁虫 (正式写手)

[求助] 如何编写PBS作业的脚本？

最近开始用Gaussian算个有机分子，但是不会编写PBS作业的脚本；我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例，能不能帮我看看什么意思？具体代码有什么作用的？主要是红色部分不知道是什么意思，多谢了！
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log

########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]
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1楼 2011-12-12 18:17:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
世界上有个东西叫做软件文档
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2011-12-13 08:35:57
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普通回帖

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过，不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字，可以改成你想要的名字（最好别有空格）

红字部分是初始化和运行，声明一下源文件地址和工作目录之类的，应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
2楼2011-12-13 08:16:46
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿
不同的服务器具体命令会有点差别，所以你这个里面一些具体的东西我也不清楚，只能大概说一下了。
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
3楼2011-12-13 08:18:08
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sjsznh

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这些脚本应该是管理员给提供的才对，所以你应该直接找管理员。
我管理的机器上所有应用程序的提交作业的脚本我都会提供给用户。
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5楼2011-12-13 10:05:07
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by sjsznh at 2011-12-13 10:05:07:
这些脚本应该是管理员给提供的才对，所以你应该直接找管理员。
我管理的机器上所有应用程序的提交作业的脚本我都会提供给用户。

是的，这个文档是管理员给的，给过我之后我也不知道怎么用，难道红字部分是医用改的吗？另外，我问了我同事，他说如果是我只是使用gaussian计算的话，红色部分也用不上。
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6楼2011-12-13 15:57:02
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2011-12-13 08:16:46:
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过，不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字，可以改成你想要的名字（最好别有空格 ...

-q 这个参数可能是我们这个计算所自己定义的，和后面的walltime的长短有关，以前我查 PBS的使用说明的时候也没看见。
另外，我同事告诉我如果只是使用Gaussian计算的话，他跟不不用红色部分的代码，而是用了一个更简单点的，不过这个任务提交上去始终有问题，我还在查原因
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:compute:ppn=4,walltime=48:00:00
#PBS -q long
#PBS -m bea
#PBS -k oe
#PBS -N PbPc-single

export GJF="PbPc-single"
export CHCPath=/lustrefs/projects/AFKO
export LPATH=$PBS_O_WORKDIR
export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH

cd $CHCPath
mkdir $PBS_JOBID
cd $PBS_JOBID
cp $LPATH/* ./

g03 < $GJF.gjf > $GJF.out
cp * $LPATH/

cd ../
rm -r $PBS_JOBID
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7楼2011-12-13 16:01:24
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-13 08:35:57:
世界上有个东西叫做软件文档

红色那部分是软件文档吗？是计算所自己定义的吗？
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8楼2011-12-13 16:02:04
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
undergoer(金币+5): 2011-12-15 18:17:03
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque （管理员定的，通常按任务长短大小划分）

第2个脚本个有几个小瑕疵：
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-single.gjf 的任务。实用一些的做法是写一个wrapper:
CODE:

存成rung03:
#!/bin/bash
# rung03
# usage: rung09 filename
# example: rung09 a.gjf

input=$1
input=${input%.gjf}

qsub< #!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:compute:ppn=4,walltime=48:00:00
#PBS -q long
#PBS -m bea
#PBS -k oe
#PBS -N PbPc-single
#PBS -v input=$input, PATH=$PATH

export CHCPath=/lustrefs/projects/AFKO
export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH
export TMP_DIR=$CHCPath/$PBS_JOBID
cd $PBS_O_WORKDIR
mkdir $TMP_DIR
cp ${input}.gjf $TMP_DIR
cd $TMP_DIR
#这里必须保证 g03的环境变量都有设置
#这只是例子，因机器而异
#export g03root=.....
#. $g03root/bsd/g03.profile
g03 < ${input}.gjf > $PBS_O_WORKDIR/${input}.out
cd $PBS_O_WORKDIR
rm $TMP_DIR
eof

2. cp $LPATH/* ./ ; 这一条把不必要的文件都拷入临时文件夹了。
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undergoer undergoer
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
9楼2011-12-14 07:43:01
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mchen10

金虫 (正式写手)
抱歉 纠正一下上一条回复

rm $TMP_DIR 应该是 rm -rf $TMP_DIR
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
10楼2011-12-14 07:45:07
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