24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 4054  |  回复: 14

undergoer

铁虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

恩,我之前代码比较简单,是我做的第一个计算,所以写的时候也就考虑了算这一个任务的情况;
看了你提供的代码,还是有点不太明白;首先我不太明白你说的这个Wrapper是怎么用的,这个我再查查资料多了解一下。
关于这个代码,你的代码中有一条 cp ${input}.gjf $TMP_DIR, 这个代码的功能在我原来写的那个里面似乎没有啊,原来的代码是g03 < $GJF.gjf > $GJF.out,我的gjf文件和我提交的job.sh是放在一个文件夹里,如果没有用到cp ${input}.gjf $TMP_DIR这一行代码,是不是也能照常运行?
另外#export g03root=.....这一行代码以及下一行代码,是用来干什么的?定位Gaussian03程序的位置吗?那之前export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH这个不能用来定义位置吗?
11楼2011-12-14 18:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

另外忘问了,你说我的只能做一个任务,但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧?那这样和我那个区别不大吧? 对这个Wrapper还不太熟悉,不太明白的还请多多指教一下!谢了
12楼2011-12-14 18:44:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by undergoer at 2011-12-13 22:44:11:
另外忘问了,你说我的只能做一个任务,但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧?那这样和我那个区别不大吧? 对这个Wrapper还不太熟悉,不太明白的还请多多指教一下!谢了

用法是 rung03 filename
不同的文件名都可以 而不是固定的

如果要一次执行多个任务,需要wrapper的wrapper:

#rung03_multi:

#/bin/bash
for file in "$@"
do
rung03 $file
done
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
13楼2011-12-15 03:16:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-15 03:16:40:
用法是 rung03 filename
不同的文件名都可以 而不是固定的

如果要一次执行多个任务,需要wrapper的wrapper:

#rung03_multi:

#/bin/bash
for file in "$@"
do
rung03 $file
done

有点糊涂了,不过先谢了!我自己再琢磨琢磨这个!
14楼2011-12-15 18:16:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by undergoer at 2011-12-13 15:57:02
是的,这个文档是管理员给的,给过我之后我也不知道怎么用,难道红字部分是医用改的吗?另外,我问了我同事,他说如果是我只是使用gaussian计算的话,红色部分也用不上。...

你直接问他需要修改哪些参数才能适合到你的具体的作业任务。当初我也遇到过你这问题,也跟你一样到处找资料,搞了将近一个星期也没弄明白。后来我的同学跟我说修改两处的名称就行了。郁闷!给你的建议就是问你那些用过gaussian的师兄师姐,只有他们才最知道。
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
15楼2013-04-02 22:10:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 undergoer 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 085404 298分求调剂 +10 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 11/550 2026-04-10 16:44 by wangy0907
[考研] 273求调剂 +51 麦小叮当 2026-04-06 58/2900 2026-04-10 15:54 by jiajinhpu
[考研] 301求调剂 +5 149. 2026-04-10 5/250 2026-04-10 15:45 by 柴小白
[考研] 一志愿华中农微生物,288分,三年实验经历 +10 代fish 2026-04-09 10/500 2026-04-10 09:49 by potato妹
[考研] 一志愿双非085400电子信息344 求调剂,对材料和化学方向也感兴趣 +8 无情的小羊 2026-04-09 9/450 2026-04-10 09:30 by 松花缸1201
[考研] 085400电子信息类(川大控制工程)求调剂可跨专业 求老师联系 +3 626776879 2026-04-08 3/150 2026-04-09 16:05 by 猪会飞
[考研] 086004 求调剂 309 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 13:59 by Delta2012
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
[考研] 求调剂,现在还能填的 +3 上岸小莹加油 2026-04-08 3/150 2026-04-08 14:30 by zhq0425
[考博] 申博 +8 IQwQl 2026-04-04 8/400 2026-04-08 09:43 by 0608104024
[考研] 生物工程求调剂 +13 喜欢还是不甘心 2026-04-05 13/650 2026-04-07 16:55 by Ecowxq666!
[考研] 材料调剂 +17 小刘同学吖吖 2026-04-06 18/900 2026-04-07 11:41 by 诗与自由
[考研] 286求调剂 +20 Faune 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 11:33 by 诗与自由
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +12 zyx上岸! 2026-04-04 12/600 2026-04-07 02:09 by BruceLiu320
[考研] 285求调剂 +8 AZMK 2026-04-04 11/550 2026-04-06 13:56 by BruceLiu320
[考研] 调剂 一志愿吉林大学357分 +5 .Starry. 2026-04-04 5/250 2026-04-06 09:28 by cql1109
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
信息提示
请填处理意见