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undergoer

铁虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

恩,我之前代码比较简单,是我做的第一个计算,所以写的时候也就考虑了算这一个任务的情况;
看了你提供的代码,还是有点不太明白;首先我不太明白你说的这个Wrapper是怎么用的,这个我再查查资料多了解一下。
关于这个代码,你的代码中有一条 cp ${input}.gjf $TMP_DIR, 这个代码的功能在我原来写的那个里面似乎没有啊,原来的代码是g03 < $GJF.gjf > $GJF.out,我的gjf文件和我提交的job.sh是放在一个文件夹里,如果没有用到cp ${input}.gjf $TMP_DIR这一行代码,是不是也能照常运行?
另外#export g03root=.....这一行代码以及下一行代码,是用来干什么的?定位Gaussian03程序的位置吗?那之前export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH这个不能用来定义位置吗?
11楼2011-12-14 18:39:46
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undergoer

铁虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

另外忘问了,你说我的只能做一个任务,但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧?那这样和我那个区别不大吧? 对这个Wrapper还不太熟悉,不太明白的还请多多指教一下!谢了
12楼2011-12-14 18:44:11
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by undergoer at 2011-12-13 22:44:11:
另外忘问了,你说我的只能做一个任务,但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧?那这样和我那个区别不大吧? 对这个Wrapper还不太熟悉,不太明白的还请多多指教一下!谢了

用法是 rung03 filename
不同的文件名都可以 而不是固定的

如果要一次执行多个任务,需要wrapper的wrapper:

#rung03_multi:

#/bin/bash
for file in "$@"
do
rung03 $file
done
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
13楼2011-12-15 03:16:40
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undergoer

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-15 03:16:40:
用法是 rung03 filename
不同的文件名都可以 而不是固定的

如果要一次执行多个任务,需要wrapper的wrapper:

#rung03_multi:

#/bin/bash
for file in "$@"
do
rung03 $file
done

有点糊涂了,不过先谢了!我自己再琢磨琢磨这个!
14楼2011-12-15 18:16:23
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youngfi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by undergoer at 2011-12-13 15:57:02
是的,这个文档是管理员给的,给过我之后我也不知道怎么用,难道红字部分是医用改的吗?另外,我问了我同事,他说如果是我只是使用gaussian计算的话,红色部分也用不上。...

你直接问他需要修改哪些参数才能适合到你的具体的作业任务。当初我也遇到过你这问题,也跟你一样到处找资料,搞了将近一个星期也没弄明白。后来我的同学跟我说修改两处的名称就行了。郁闷!给你的建议就是问你那些用过gaussian的师兄师姐,只有他们才最知道。
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
15楼2013-04-02 22:10:14
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