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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何编写PBS作业的脚本？
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undergoer

铁虫 (正式写手)

[求助] 如何编写PBS作业的脚本？

最近开始用Gaussian算个有机分子，但是不会编写PBS作业的脚本；我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例，能不能帮我看看什么意思？具体代码有什么作用的？主要是红色部分不知道是什么意思，多谢了！
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log

########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]
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1楼 2011-12-12 18:17:26
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by sjsznh at 2011-12-13 10:05:07:
这些脚本应该是管理员给提供的才对，所以你应该直接找管理员。
我管理的机器上所有应用程序的提交作业的脚本我都会提供给用户。

是的，这个文档是管理员给的，给过我之后我也不知道怎么用，难道红字部分是医用改的吗？另外，我问了我同事，他说如果是我只是使用gaussian计算的话，红色部分也用不上。
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6楼2011-12-13 15:57:02
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2011-12-13 08:16:46:
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过，不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字，可以改成你想要的名字（最好别有空格 ...

-q 这个参数可能是我们这个计算所自己定义的，和后面的walltime的长短有关，以前我查 PBS的使用说明的时候也没看见。
另外，我同事告诉我如果只是使用Gaussian计算的话，他跟不不用红色部分的代码，而是用了一个更简单点的，不过这个任务提交上去始终有问题，我还在查原因
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:compute:ppn=4,walltime=48:00:00
#PBS -q long
#PBS -m bea
#PBS -k oe
#PBS -N PbPc-single

export GJF="PbPc-single"
export CHCPath=/lustrefs/projects/AFKO
export LPATH=$PBS_O_WORKDIR
export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH

cd $CHCPath
mkdir $PBS_JOBID
cd $PBS_JOBID
cp $LPATH/* ./

g03 < $GJF.gjf > $GJF.out
cp * $LPATH/

cd ../
rm -r $PBS_JOBID
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7楼2011-12-13 16:01:24
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-13 08:35:57:
世界上有个东西叫做软件文档

红色那部分是软件文档吗？是计算所自己定义的吗？
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8楼2011-12-13 16:02:04
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undergoer

铁虫 (正式写手)
送鲜花一朵
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9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque （管理员定的，通常按任务长短大小划分）

第2个脚本个有几个小瑕疵：
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

恩，我之前代码比较简单，是我做的第一个计算，所以写的时候也就考虑了算这一个任务的情况；
看了你提供的代码，还是有点不太明白；首先我不太明白你说的这个Wrapper是怎么用的，这个我再查查资料多了解一下。
关于这个代码，你的代码中有一条 cp ${input}.gjf $TMP_DIR， 这个代码的功能在我原来写的那个里面似乎没有啊，原来的代码是g03 < $GJF.gjf > $GJF.out，我的gjf文件和我提交的job.sh是放在一个文件夹里，如果没有用到cp ${input}.gjf $TMP_DIR这一行代码，是不是也能照常运行？
另外#export g03root=.....这一行代码以及下一行代码，是用来干什么的？定位Gaussian03程序的位置吗？那之前export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH这个不能用来定义位置吗？
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11楼2011-12-14 18:39:46
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undergoer

铁虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque （管理员定的，通常按任务长短大小划分）

第2个脚本个有几个小瑕疵：
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

另外忘问了，你说我的只能做一个任务，但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧？那这样和我那个区别不大吧？ 对这个Wrapper还不太熟悉，不太明白的还请多多指教一下！谢了
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12楼2011-12-14 18:44:11
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undergoer

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-15 03:16:40:
用法是 rung03 filename
不同的文件名都可以 而不是固定的

如果要一次执行多个任务，需要wrapper的wrapper:

#rung03_multi:

#/bin/bash
for file in "$@"
do
rung03 $file
done

有点糊涂了，不过先谢了！我自己再琢磨琢磨这个！
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14楼2011-12-15 18:16:23
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