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如何编写PBS作业的脚本？
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最近开始用Gaussian算个有机分子，但是不会编写PBS作业的脚本；我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例，能不能帮我看看什么意思？具体代码有什么作用的？主要是红色部分不知道是什么意思，多谢了！ #!/bin/bash # #PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00 #PBS -q medium #PBS -N my_job_name # ########### INIT ########### # enable module tool source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash # load openmpi module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31 # set workdir WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1 ########### RUN ########### cd $WORKDIR #start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [ ########### CLEAN UP ########### rm -rf *.tmp [ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ] |
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-q 这个参数可能是我们这个计算所自己定义的，和后面的walltime的长短有关，以前我查 PBS的使用说明的时候也没看见。 另外，我同事告诉我如果只是使用Gaussian计算的话，他跟不不用红色部分的代码，而是用了一个更简单点的，不过这个任务提交上去始终有问题，我还在查原因 #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:compute:ppn=4,walltime=48:00:00 #PBS -q long #PBS -m bea #PBS -k oe #PBS -N PbPc-single export GJF="PbPc-single" export CHCPath=/lustrefs/projects/AFKO export LPATH=$PBS_O_WORKDIR export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH cd $CHCPath mkdir $PBS_JOBID cd $PBS_JOBID cp $LPATH/* ./ g03 < $GJF.gjf > $GJF.out cp * $LPATH/ cd ../ rm -r $PBS_JOBID |
7楼2011-12-13 16:01:24
agent99
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coolrainbow
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