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656746478

新虫 (初入文坛)

[求助] 在集群上如何算CASTEP 能带、态密度

在集群上已经把结构优化了，接下来提交作业计算能带和态密度，成功算完后却无法查看能带和态密度图。我想是缺少相应的.castep文件。请教各位大侠，帮帮我啊。计算能带的作业脚本怎么写啊？它和优化时的脚本有什么区别？先谢谢了。很急啊
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1楼 2013-06-25 17:00:23
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656746478

新虫 (初入文坛)
各位大侠   没有知道的吗？
自己顶顶
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2楼2013-06-26 12:26:51
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656746478

新虫 (初入文坛)
难道没有人懂吗？
好几天了   没弄好  急啊
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3楼2013-07-01 10:22:42
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dantor321

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
sunyang1988: 金币+2, 谢谢帮助 2013-07-04 10:12:43
我想可能是你提交的时候，没有提交A_Bandstr.cell 和A_DOS.cell，这两个文件名，也就是在PBS脚本里的Project name=这项后面需要修改为A_Bandstr或者A_DOS，其中A可以自己设置，我们学校的集群上就是这样的，我前几天一直无法计算光学性能，后来才发现是这个问题，同时附一个PBS脚本给你，希望你能有用，我们学校用的是MS6.0版本的，你可以根据实际情况修改
PBS脚本如下：
#!/bin/bash
#PBS -N castep
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -l walltime=3000:00:00
#PBS -j oe

project_name=AlC   
source /public/software/intel/impi/4.0.0.025/intel64/bin/mpivars.sh
source /public/software/Accelrys/ms60-env.sh

cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`
$MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe $project_name

rm -f *.pid
exit 0
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4楼2013-07-02 18:30:27
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656746478

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dantor321 at 2013-07-02 18:30:27
我想可能是你提交的时候，没有提交A_Bandstr.cell 和A_DOS.cell，这两个文件名，也就是在PBS脚本里的Project name=这项后面需要修改为A_Bandstr或者A_DOS，其中A可以自己设置，我们学校的集群上就是这样的，我前几天 ...

哦  太感谢了。我试试啊
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5楼2013-07-04 09:22:27
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656746478

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dantor321 at 2013-07-02 18:30:27
我想可能是你提交的时候，没有提交A_Bandstr.cell 和A_DOS.cell，这两个文件名，也就是在PBS脚本里的Project name=这项后面需要修改为A_Bandstr或者A_DOS，其中A可以自己设置，我们学校的集群上就是这样的，我前几天 ...

你好  project_name=后面能一下写两个吗？也就是说能一起算能带和态密度吗？以下是我的脚本     这个 project_name应写在哪？你帮我修改一下吧   谢谢啊

#!/bin/sh

#PBS -N sic3
#PBS -l nodes=1:ppn=15
#PBS -q general
#PBS -l walltime=1000:00:00

#PBS -j oe
MY_MPI_TYPE=hpmpi
MY_MPI_HOME=/home/soft/msi/hpmpi
APP_NAME=score
RUN="RAW"
CURDIR=`pwd`

#set environment for castep
export MS=/home/soft/msi/Accelrys
export MS_INSTALL_ROOT=$Accelrys/MaterialsStudio50
export MSI_LIC_PACK_DIR=$Accelrys/LicensePack
export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic
export CASTEP_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export PATH=/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin:$PATH

#environment done

cd $PBS_O_WORKDIR

/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh sic3
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6楼2013-07-04 09:28:26
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656746478

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dantor321 at 2013-07-02 18:30:27
我想可能是你提交的时候，没有提交A_Bandstr.cell 和A_DOS.cell，这两个文件名，也就是在PBS脚本里的Project name=这项后面需要修改为A_Bandstr或者A_DOS，其中A可以自己设置，我们学校的集群上就是这样的，我前几天 ...

你好，我把任务改了  还是没有能带的castep文件
  #!/bin/sh

#PBS -N sic3
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=1000:00:00
#PBS -q general
#PBS -j oe
project_name=sic3_BandStr.check
MY_MPI_TYPE=hpmpi
MY_MPI_HOME=/home/soft/msi/hpmpi
APP_NAME=score
RUN="RAW"
CURDIR=`pwd`

#set environment for castep
export MS=/home/soft/msi/Accelrys
export MS_INSTALL_ROOT=$Accelrys/MaterialsStudio50
export MSI_LIC_PACK_DIR=$Accelrys/LicensePack
export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic
export CASTEP_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export PATH=/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin:$PATH

#environment done

cd $PBS_O_WORKDIR

/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh sic3
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7楼2013-07-07 15:03:19
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dantor321

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 656746478 at 2013-07-04 09:28:26
你好  project_name=后面能一下写两个吗？也就是说能一起算能带和态密度吗？以下是我的脚本     这个 project_name应写在哪？你帮我修改一下吧   谢谢啊

#!/bin/sh

#PBS -N sic3
#PBS -l nodes=1:ppn ...

一般只能写一个吧
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8楼2013-07-07 16:27:30
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dantor321

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 656746478 at 2013-07-07 15:03:19
你好，我把任务改了  还是没有能带的castep文件
  #!/bin/sh

#PBS -N sic3
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=1000:00:00
#PBS -q general
#PBS -j oe
project_name=sic3_BandStr.check
MY_MPI_TY ...

“project_name=sic3_BandStr.check”
这项改成“project_name=sic3_BandStr”试试看
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9楼2013-07-07 16:29:27
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656746478

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 656746478 at 2013-07-07 15:03:19
你好，我把任务改了  还是没有能带的castep文件
  #!/bin/sh

#PBS -N sic3
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=1000:00:00
#PBS -q general
#PBS -j oe
project_name=sic3_BandStr.check
MY_MPI_TY ...

好了好了  又试了一下    出现了能带的castep文件有了


太谢谢了   感激你
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10楼2013-07-07 20:17:32
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