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在集群上如何算CASTEP 能带、态密度
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| 在集群上已经把结构优化了，接下来提交作业计算能带和态密度，成功算完后却无法查看能带和态密度图。我想是缺少相应的.castep文件。请教各位大侠，帮帮我啊。计算能带的作业脚本怎么写啊？它和优化时的脚本有什么区别？先谢谢了。很急啊 |
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2楼2013-06-26 12:26:51
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3楼2013-07-01 10:22:42
【答案】应助回帖
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sunyang1988: 金币+2, 谢谢帮助 2013-07-04 10:12:43
sunyang1988: 金币+2, 谢谢帮助 2013-07-04 10:12:43
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我想可能是你提交的时候，没有提交A_Bandstr.cell 和A_DOS.cell，这两个文件名，也就是在PBS脚本里的Project name=这项后面需要修改为A_Bandstr或者A_DOS，其中A可以自己设置，我们学校的集群上就是这样的，我前几天一直无法计算光学性能，后来才发现是这个问题，同时附一个PBS脚本给你，希望你能有用，我们学校用的是MS6.0版本的，你可以根据实际情况修改 PBS脚本如下： #!/bin/bash #PBS -N castep #PBS -l nodes=2:ppn=4 #PBS -l walltime=3000:00:00 #PBS -j oe project_name=AlC source /public/software/intel/impi/4.0.0.025/intel64/bin/mpivars.sh source /public/software/Accelrys/ms60-env.sh cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` $MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe $project_name rm -f *.pid exit 0 |
4楼2013-07-02 18:30:27
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5楼2013-07-04 09:22:27
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你好 project_name=后面能一下写两个吗？也就是说能一起算能带和态密度吗？以下是我的脚本 这个 project_name应写在哪？你帮我修改一下吧 谢谢啊  #!/bin/sh #PBS -N sic3 #PBS -l nodes=1:ppn=15 #PBS -q general #PBS -l walltime=1000:00:00 #PBS -j oe MY_MPI_TYPE=hpmpi MY_MPI_HOME=/home/soft/msi/hpmpi APP_NAME=score RUN="RAW" CURDIR=`pwd` #set environment for castep export MS=/home/soft/msi/Accelrys export MS_INSTALL_ROOT=$Accelrys/MaterialsStudio50 export MSI_LIC_PACK_DIR=$Accelrys/LicensePack export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic export CASTEP_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin:$PATH #environment done cd $PBS_O_WORKDIR /home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh sic3 |
6楼2013-07-04 09:28:26
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你好，我把任务改了 还是没有能带的castep文件 #!/bin/sh #PBS -N sic3 #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=1000:00:00 #PBS -q general #PBS -j oe project_name=sic3_BandStr.check MY_MPI_TYPE=hpmpi MY_MPI_HOME=/home/soft/msi/hpmpi APP_NAME=score RUN="RAW" CURDIR=`pwd` #set environment for castep export MS=/home/soft/msi/Accelrys export MS_INSTALL_ROOT=$Accelrys/MaterialsStudio50 export MSI_LIC_PACK_DIR=$Accelrys/LicensePack export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic export CASTEP_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=/home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin:$PATH #environment done cd $PBS_O_WORKDIR /home/soft/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh sic3 |
7楼2013-07-07 15:03:19
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10楼2013-07-07 20:17:32
