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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何让PBS自动进行下一步作业的提交？
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匿名

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1楼 2013-10-28 19:41:47
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zwmiracle: 金币+3, ★★★很有帮助, 十分感谢！！！ 2013-10-29 11:33:27
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:15
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运行

你也可以用afterok或者afternotok来在任务成功和失败时自动提交不同任务脚本
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2楼2013-10-29 10:18:24
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:28
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-10-28 21:18:24
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运 ...

当然你也可以在第二个脚本里加上
#PBS -W depend=afterok: （第一个任务的index）
效果是一样的
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3楼2013-10-29 10:23:32
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:25
本帖仅楼主可见
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4楼2013-10-29 11:32:40
已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:33
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwmiracle at 2013-10-28 22:32:40
我第一遍粗糙得到的CONTCAR文件怎么copy到新目录里当POSCAR啊？

你的意思是：
第一个任务，照常；
第二个任务，也先提交，但是run.sh文件里要加上depend选项，等第一个完成之后自动解除hold。

它怎么判断第 ...

如果运行完脚本正常终止的话pbs就认为是正常终止；如果遇到异常错误，超时或者你用exit语句返回非0返回值的话就是异常终止。拷贝可以在第一个脚本的末尾或第二个脚本的开头进行

-W 选项的好处是便于批量管理。举个例子，比如这个脚本会提交运行脚本run.sh一百遍依次运行（要是有typo别打我）

#!/bin/bash
echo submitting initial run
JOBINDEX=`qsub run.sh`
echo Job index: $JOBINDEX
for x in `seq 2 100`
do
  echo submitting run $x
  JOBINDEX=`qsub -W depend=afterok:$JOBINDEX run.sh`
  echo job index: $JOBINDEX
done
exit 0
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5楼2013-10-29 12:53:41
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:42
在一个qsub的脚本里面是不能使用qsub命令的。
你只要把第二个脚本的内容放到这个脚本里面就好了。
比如
1 #PBS -N  c  
      2 #PBS -l nodes=1:ppn=1
      3 cd $PBS_O_WORKDIR   
      4 cp $PBS_NODEFILE node
      5
      6 export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh
      7 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output
      8
     9 cp $PBS_O_WORKDIR/CONTCAR $PBS_O_WORKDIR/accurate/POSCAR
     10 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output
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6楼2013-10-30 11:19:08
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zjh-111

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:50
貌似这个要换目录的样子

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2013-10-30 12:16:27
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ted1277

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你把你的第十行改成  sh autorun1.sh 试试
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hello,boy~
8楼2013-10-30 20:04:26
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