应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何让PBS自动进行下一步作业的提交？
51/1返回列表
查看: 2737  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
本帖仅楼主可见

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Photochemistry

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2013-10-28 19:41:47
已阅   同方向广播   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

virtualzx

木虫 (著名写手)
★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:28
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-10-28 21:18:24
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运 ...

当然你也可以在第二个脚本里加上
#PBS -W depend=afterok: （第一个任务的index）
效果是一样的
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-10-29 10:23:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zwmiracle: 金币+3, ★★★很有帮助, 十分感谢！！！ 2013-10-29 11:33:27
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:15
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运行

你也可以用afterok或者afternotok来在任务成功和失败时自动提交不同任务脚本
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-29 10:18:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:25
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2013-10-29 11:32:40
 已阅   申请1ST强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:33
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwmiracle at 2013-10-28 22:32:40
我第一遍粗糙得到的CONTCAR文件怎么copy到新目录里当POSCAR啊？

你的意思是：
第一个任务，照常；
第二个任务，也先提交，但是run.sh文件里要加上depend选项，等第一个完成之后自动解除hold。

它怎么判断第 ...

如果运行完脚本正常终止的话pbs就认为是正常终止；如果遇到异常错误，超时或者你用exit语句返回非0返回值的话就是异常终止。拷贝可以在第一个脚本的末尾或第二个脚本的开头进行

-W 选项的好处是便于批量管理。举个例子，比如这个脚本会提交运行脚本run.sh一百遍依次运行（要是有typo别打我）

#!/bin/bash
echo submitting initial run
JOBINDEX=`qsub run.sh`
echo Job index: $JOBINDEX
for x in `seq 2 100`
do
  echo submitting run $x
  JOBINDEX=`qsub -W depend=afterok:$JOBINDEX run.sh`
  echo job index: $JOBINDEX
done
exit 0
赞一下 回复此楼
5楼2013-10-29 12:53:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭