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匿名

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1楼2013-10-28 19:41:47
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:42
在一个qsub的脚本里面是不能使用qsub命令的。
你只要把第二个脚本的内容放到这个脚本里面就好了。
比如
1 #PBS -N  c  
      2 #PBS -l nodes=1:ppn=1
      3 cd $PBS_O_WORKDIR   
      4 cp $PBS_NODEFILE node
      5
      6 export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh
      7 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output
      8
     9 cp $PBS_O_WORKDIR/CONTCAR $PBS_O_WORKDIR/accurate/POSCAR
     10 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 1 -machinefile node /home/app/vasp528.om > output
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6楼2013-10-30 11:19:08
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zwmiracle: 金币+3, ★★★很有帮助, 十分感谢！！！ 2013-10-29 11:33:27
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:15
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运行

你也可以用afterok或者afternotok来在任务成功和失败时自动提交不同任务脚本
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2楼2013-10-29 10:18:24
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-30 16:00:28
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-10-28 21:18:24
不建议在一个脚本里提交另一个任务，不便于任务管理。
建议用qsub的依赖关系选项
-W depend=afterany任务号码)
提交第二个任务，第二个任务提交后会处于hold状态，在第一个任务成功完成时会自动解除hold开始运 ...

当然你也可以在第二个脚本里加上
#PBS -W depend=afterok: （第一个任务的index）
效果是一样的
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3楼2013-10-29 10:23:32
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匿名

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★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-10-29 16:00:25
本帖仅楼主可见
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4楼2013-10-29 11:32:40
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