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undergoer

铁虫 (正式写手)

[求助] 如何编写PBS作业的脚本?

最近开始用Gaussian算个有机分子,但是不会编写PBS作业的脚本;我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例,能不能帮我看看什么意思?具体代码有什么作用的?主要是红色部分不知道是什么意思,多谢了!
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log


########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]
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第一性原理 first principle 计算 PBS作业排队系统

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undergoer

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by sjsznh at 2011-12-13 10:05:07:
这些脚本应该是管理员给提供的才对,所以你应该直接找管理员。
我管理的机器上所有应用程序的提交作业的脚本我都会提供给用户。

是的,这个文档是管理员给的,给过我之后我也不知道怎么用,难道红字部分是医用改的吗?另外,我问了我同事,他说如果是我只是使用gaussian计算的话,红色部分也用不上。
6楼2011-12-13 15:57:02
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查看全部 15 个回答

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过,不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字,可以改成你想要的名字(最好别有空格)

红字部分是初始化和运行,声明一下源文件地址和工作目录之类的,应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2011-12-13 08:16:46
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

不同的服务器具体命令会有点差别,所以你这个里面一些具体的东西我也不清楚,只能大概说一下了。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
3楼2011-12-13 08:18:08
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
世界上有个东西叫做软件文档
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2011-12-13 08:35:57
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