24小时热门版块排行榜    

查看: 4446  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

[求助] 如何编写PBS作业的脚本?

最近开始用Gaussian算个有机分子,但是不会编写PBS作业的脚本;我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例,能不能帮我看看什么意思?具体代码有什么作用的?主要是红色部分不知道是什么意思,多谢了!
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log


########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

另外忘问了,你说我的只能做一个任务,但是你给的这个好像也要自己定义input.gjf文件对吧?那这样和我那个区别不大吧? 对这个Wrapper还不太熟悉,不太明白的还请多多指教一下!谢了
12楼2011-12-14 18:44:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过,不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字,可以改成你想要的名字(最好别有空格)

红字部分是初始化和运行,声明一下源文件地址和工作目录之类的,应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2011-12-13 08:16:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

不同的服务器具体命令会有点差别,所以你这个里面一些具体的东西我也不清楚,只能大概说一下了。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
3楼2011-12-13 08:18:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
世界上有个东西叫做软件文档
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2011-12-13 08:35:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见