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undergoer

铁虫 (正式写手)

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[求助] 如何编写PBS作业的脚本？

最近开始用Gaussian算个有机分子，但是不会编写PBS作业的脚本；我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例，能不能帮我看看什么意思？具体代码有什么作用的？主要是红色部分不知道是什么意思，多谢了！
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log

########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]

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1楼 2011-12-12 18:17:26

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undergoer

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引用回帖:

9楼: Originally posted by mchen10 at 2011-12-14 07:43:01:
-q 是queque的名字指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque （管理员定的，通常按任务长短大小划分）

第2个脚本个有几个小瑕疵：
1.export GJF="PbPc-single"; 只适用于输入文件名为 PbPc-si ...

恩，我之前代码比较简单，是我做的第一个计算，所以写的时候也就考虑了算这一个任务的情况；
看了你提供的代码，还是有点不太明白；首先我不太明白你说的这个Wrapper是怎么用的，这个我再查查资料多了解一下。
关于这个代码，你的代码中有一条 cp ${input}.gjf $TMP_DIR，这个代码的功能在我原来写的那个里面似乎没有啊，原来的代码是g03 < $GJF.gjf > $GJF.out，我的gjf文件和我提交的job.sh是放在一个文件夹里，如果没有用到cp ${input}.gjf $TMP_DIR这一行代码，是不是也能照常运行？
另外#export g03root=.....这一行代码以及下一行代码，是用来干什么的？定位Gaussian03程序的位置吗？那之前export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH这个不能用来定义位置吗？

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11楼2011-12-14 18:39:46

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agent99

禁虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过，不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字，可以改成你想要的名字（最好别有空格）

红字部分是初始化和运行，声明一下源文件地址和工作目录之类的，应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。

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理论与计算化学，化学物理，生物物理