24小时热门版块排行榜    

查看: 3995  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

[求助] 如何编写PBS作业的脚本?

最近开始用Gaussian算个有机分子,但是不会编写PBS作业的脚本;我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例,能不能帮我看看什么意思?具体代码有什么作用的?主要是红色部分不知道是什么意思,多谢了!
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log


########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理 first principle 计算 PBS作业排队系统

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
undergoer(金币+5): 2011-12-15 18:17:03
-q 是queque的名字 指的是脚本将任务提交到服物器的哪一个queque (管理员定的,通常按任务长短大小划分)

第2个脚本个有几个小瑕疵:
1.export GJF="PbPc-single";  只适用于输入文件名为 PbPc-single.gjf 的任务。实用一些的做法是写一个wrapper:
CODE:

存成rung03:
#!/bin/bash
# rung03
# usage: rung09 filename
# example: rung09 a.gjf

input=$1
input=${input%.gjf}

qsub< #!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:compute:ppn=4,walltime=48:00:00
#PBS -q long
#PBS -m bea
#PBS -k oe
#PBS -N PbPc-single
#PBS -v input=$input, PATH=$PATH

export CHCPath=/lustrefs/projects/AFKO
export PATH=/lustrefs/apps/Gaussian-03/bin:$PATH
export TMP_DIR=$CHCPath/$PBS_JOBID
cd $PBS_O_WORKDIR
mkdir $TMP_DIR
cp ${input}.gjf $TMP_DIR
cd $TMP_DIR
#这里必须保证 g03的环境变量都有设置
#这只是例子,因机器而异
#export g03root=.....
#. $g03root/bsd/g03.profile
g03 < ${input}.gjf > $PBS_O_WORKDIR/${input}.out
cd $PBS_O_WORKDIR
rm $TMP_DIR
eof

2. cp $LPATH/* ./ ; 这一条把不必要的文件都拷入临时文件夹了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
9楼2011-12-14 07:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00  
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过,不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字,可以改成你想要的名字(最好别有空格)

红字部分是初始化和运行,声明一下源文件地址和工作目录之类的,应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2011-12-13 08:16:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

不同的服务器具体命令会有点差别,所以你这个里面一些具体的东西我也不清楚,只能大概说一下了。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
3楼2011-12-13 08:18:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
世界上有个东西叫做软件文档
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2011-12-13 08:35:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
[考博] 博士推荐 +5 花儿笑? 2026-02-21 6/300 2026-02-28 18:53 by nxgogo
[考研] 298求调剂 +6 人间唯你是清欢 2026-02-28 8/400 2026-02-28 18:52 by 人间唯你是清欢
[考研] 311求调剂 +7 南迦720 2026-02-28 7/350 2026-02-28 18:28 by leonnulll
[教师之家] 版面费该交吗 +15 苹果在哪里 2026-02-22 18/900 2026-02-28 18:20 by mibaomingg
[考研] 材料类求调剂 +4 wana_kiko 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:08 by djennjx
[考研] 求调剂 +3 repeatt?t 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:00 by houyaoxu
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +3 弗格个 2026-02-28 5/250 2026-02-28 17:04 by sandychj
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
[考博] 26申博 +3 想申博! 2026-02-26 3/150 2026-02-28 16:07 by nxgogo
[考研] 295求调剂 +4 19171856320 2026-02-28 4/200 2026-02-28 13:39 by ms629
[考研] 290求调剂 +4 材料专硕调剂; 2026-02-28 5/250 2026-02-28 13:32 by houyaoxu
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[考研] 272求调剂 +3 田智友 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:31 by 王加浩to
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[基金申请] 面上可以超过30页吧? +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见