24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

undergoer

铁虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 507.9
散金: 1580
红花: 10
帖子: 473
在线: 142.2小时
虫号: 1200367
注册: 2011-02-09
专业: 有机高分子功能材料

[求助] 如何编写PBS作业的脚本？

最近开始用Gaussian算个有机分子，但是不会编写PBS作业的脚本；我们学校的网站上倒是有一个简单的脚本示例，能不能帮我看看什么意思？具体代码有什么作用的？主要是红色部分不知道是什么意思，多谢了！
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
#PBS -q medium
#PBS -N my_job_name
#
########### INIT ###########
# enable module tool
source /lustrefs/apps/Modules/3.2.6/init/bash
# load openmpi
module add comp/path/31 mpi/openmpi-1.4/path31
# set workdir
WORKDIR=/lustrefs/home/max/myapp/test1

########### RUN ###########
cd $WORKDIR
#start application and log output using 'tee' in myapp_mpi.log
mpirun /lustrefs/home/max/myapp/myapp_mpi [] | tee myapp_mpi.log

########### CLEAN UP ###########
rm -rf *.tmp

[ Last edited by undergoer on 2011-12-12 at 20:36 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 猜你喜欢

山东省青年基金什么时候拨款已经有34人回复
英国贝尔法斯特女王大学招收 2026 年 CSC/BBSRC phd 机器学习催化剂设计方向已经有0人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有124人回复
CES投稿已经有2人回复
法国里昂大学招生CSC 资助博士生已经有0人回复
法国里昂大学接收CSC 资助访问学者已经有0人回复
如何掌握一门外语？已经有0人回复
企业为什么一定要做“专精特新”认定？如何成为专精特新企业？已经有5人回复
求助ASIQwin新版本的软件已经有0人回复
北京工业大学材料科学与工程学院《院士团队》招收工程专业博士研究生（计算优先）已经有1人回复
期待科研合作，共同发表论文已经有180人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

作业管理系统Torque 2.4.16在Linuxmint 13 / Ubuntu12.04工作站/单机上的安装和使用已经有9人回复
如何让PBS自动进行下一步作业的提交？已经有7人回复
如何让pbs脚本提交时，跳过一些节点！已经有5人回复
在集群上如何算CASTEP 能带、态密度已经有9人回复
关于PBS的一个问题已经有5人回复
pbs怎么查看已完成作业ID，及其路径？已经有9人回复
BASH脚本的一个小问题已经有3人回复
采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？已经有19人回复
PBS脚本如何编译？已经有5人回复
PBS中资源的选择#PBS -l nodes=... 已经有5人回复
昆山化学外资企业已经有3人回复
pbs脚本可否提交新的pbs脚本任务？已经有5人回复
PBS 主服务无法启动已经有8人回复
请教ORCA的并行及集群上的脚本文件已经有14人回复
ubuntu10.10 中脚本求助已经有4人回复
【求助】Gaussian（Linux）计算提交问题已经有6人回复
【求助】vasp作业提交脚本已经有5人回复
【求助】如何写命令已经有6人回复
【求助/交流】PBS的作用已经有8人回复

1楼 2011-12-12 18:17:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sjsznh

银虫 (初入文坛)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 488.6
散金: 6
帖子: 34
在线: 13.2小时
虫号: 731610
注册: 2009-03-26
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

这些脚本应该是管理员给提供的才对，所以你应该直接找管理员。
我管理的机器上所有应用程序的提交作业的脚本我都会提供给用户。

赞一下

回复此楼

5楼2011-12-13 10:05:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 15 个回答

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

应助: 75 (初中生)
贵宾: 0.001
金币: 3630.7
散金: 70
红花: 8
沙发: 1
帖子: 392
在线: 177.5小时
虫号: 1247746
注册: 2011-03-28
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

#PBS -l nodes=2:compute:ppn=4,walltime=02:00:00
这是声明计算所用节点数、CPU数和时限
#PBS -q medium
没见过，不清楚...
#PBS -N my_job_name
这就是你的作业名字，可以改成你想要的名字（最好别有空格）

红字部分是初始化和运行，声明一下源文件地址和工作目录之类的，应该是不用改的。#加空格打头的行都是注释。

最后是删除临时文件。

赞一下

回复此楼

理论与计算化学，化学物理，生物物理