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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？

sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
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珍惜有阳光、健康的时光！
1楼 2011-11-09 13:13:07
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

13581286695

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:04:54
先选中配体高亮，点击Edit，merge，右边框选择蛋白，点击删除符号，这时会发现氢键不见了，然后点击export，设置格式有mol2变为PDB，大功告成
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天道酬勤
9楼2014-05-28 20:07:38
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普通回帖

judy127

新虫 (小有名气)
同问
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2楼2011-11-11 18:59:41
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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)
自己顶下
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珍惜有阳光、健康的时光！
3楼2011-11-14 12:27:30
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 菜兄又出现了~哈哈 2011-11-16 13:19:24
merge （合并）小分子和蛋白，然后保存pdb
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4楼2011-11-16 10:51:53
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lixiaolin530

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-11-23 19:07:37
leirongjian(金币+5): 很好谢谢！ 2011-11-24 14:24:13
Build -merge 选中一个 点all ok；在随后出现的对话框里选另外一个，ok，就合并了 再删除原来复制过去的那个分子  然后保存为pdb文件即可。
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上联:沉默是金,下联:吃苦是福,横批:忍
5楼2011-11-23 15:27:13
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caidong0804

铁杆木虫 (正式写手)
Build -merge 选中一个 点all ok
sybyl中有吗？
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6楼2011-11-28 19:13:38
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lixiaolin530

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by caidong0804 at 2011-11-28 19:13:38:
Build -merge 选中一个 点all ok
sybyl中有吗？

点Build/edit  下拉菜单里有个merge的哈
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上联:沉默是金,下联:吃苦是福,横批:忍
7楼2011-11-30 14:47:11
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by leirongjian at 2011-11-09 13:13:07:
sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？

可以在对接界面中把配体和受体选中了，保存为mol2，然后用其他软件另存就可以了
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科研就是讨论出来的
8楼2011-12-01 17:05:51
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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 13581286695 at 2014-05-28 20:07:38
先选中配体高亮，点击Edit，merge，右边框选择蛋白，点击删除符号，这时会发现氢键不见了，然后点击export，设置格式有mol2变为PDB，大功告成

谢谢啦
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珍惜有阳光、健康的时光！
10楼2014-05-31 07:17:28
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