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奋斗1s

金虫 (正式写手)

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[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？

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分子模拟	模型 - 模拟 - 统计 - 热力学	MDs-Gromacs	计算
gromacs	蛋白模拟与改造	分子模拟	精华帖转载
分子模拟	PBS作业排队系统	计算化学	分子动力学模拟

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ChemiAndy

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1楼 2011-06-30 16:00:04

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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

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★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-05 23:42:45:
To yongleli大侠:

1，你所给文献的例子揭示的应该是模拟前“验证力场准确性”的重要性，而不是从根本上否定非极化力场。

该文献说是经典非极化力场不能反映蛋白-配体结合位点的一根关键氢键，然而使用极化力 ...

"非极化力场的精确度在10kcal/mol的数量级（5~20kcal/mol）。极化力场可达1kcal/mol数量级"
这个估计是如何得到的？针对某些测试体系的benchmark后的回归统计结论？是大部分的极化力场还是某种，比如AMEOBA?

[ Last edited by gzgzgz on 2011-7-6 at 02:38 ]