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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟时间越长越好吗？
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奋斗1s

金虫 (正式写手)

[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？
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ChemiAndy

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1楼 2011-06-30 16:00:04
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-07-01 19:49:20
奋斗1s(金币+4): 恩，谢谢您的指点！ 2011-07-01 21:55:33
奋斗1s(金币+1): 2011-07-01 22:02:18
只对一个蛋白质构象进行的动力学模拟，一般用于对同源建模的结果进行构象优化，目标是去除模型中的高能键、高能角等不合理的构象。我假定楼主也是这个目的。那么时间是否越长越好呢？
  我个人认为不是这样。因为根本的一个问题就是，作为动力学模拟起点的模型构象未必是（或者说一定不是）该蛋白质的真实构象。以这个起点开始模拟过程，随着时间的推移，我们期望的结果是：该构象会向真实构象靠拢，最后稳定在真实构象上。但实际的情况更可能会是：各种构象偏差逐渐放大，最后稳定于一个完全不同于实际的构象，或者整个结构发生坍塌，发展成一团不知所以的肽链。
  另一个问题是溶剂体系的问题，如果在真空条件下对酶蛋白，特别是膜蛋白进行动力学优化，如果不加约束，很难得出正确的结果。
  但值得注意的是，错误的动力学模拟结果的蛋白质评价指标也可能会很好，因为动力学模拟一定会让体系向能量最低的方向发展。所以，蛋白质评价指标只是佐证，不是铁证。
  最后的结论是，用于蛋白质模型优化的动力学模拟，时间长短不是很重要，个人认为1-5ns都可以。关键是要对该蛋白的真实构象有一个概念，以此控制动力学模拟的走向，保证系统向正确的方向发展。
  8楼的阐述很细致，是很好的理论基础。遇到具体问题还要具体分析。
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17楼2011-07-01 15:31:55
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wavingsea9911

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-02 22:29:07:
感谢17楼补充。我在8楼说了很多，其实没有很好地回答楼主的问题，做Docking，模拟时间要多久。

Docking的本质是看看哪个药物小分子（底物）与蛋白的结合最好。我不知道楼主打算从哪几个方面来考察对接是 ...

感谢ChemiAndy在23楼做的进一步说明。目前的情况好像是，一个初学者的模糊问题引发了我和ChemiAndy向不同方向的深入讨论。我很怀疑目前的回复能对楼主解决他自己的问题起到多大的帮助作用。
  更深入的讨论对于这个帖子来说可能会有离题过远之嫌，我建议不妨开一个新帖，讨论不同情况下MD时间长度的选择问题。看来这个话题的关注度还是非常高的。
赞一下(1人) 回复此楼
25楼2011-07-03 21:14:05
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