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分子模拟时间越长越好吗？
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| 如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？ |
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奋斗1s(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-07-01 19:49:20
奋斗1s(金币+4): 恩，谢谢您的指点！ 2011-07-01 21:55:33
奋斗1s(金币+1): 2011-07-01 22:02:18
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奋斗1s(金币+1): 2011-07-01 22:02:18
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只对一个蛋白质构象进行的动力学模拟，一般用于对同源建模的结果进行构象优化，目标是去除模型中的高能键、高能角等不合理的构象。我假定楼主也是这个目的。那么时间是否越长越好呢？ 我个人认为不是这样。因为根本的一个问题就是，作为动力学模拟起点的模型构象未必是（或者说一定不是）该蛋白质的真实构象。以这个起点开始模拟过程，随着时间的推移，我们期望的结果是：该构象会向真实构象靠拢，最后稳定在真实构象上。但实际的情况更可能会是：各种构象偏差逐渐放大，最后稳定于一个完全不同于实际的构象，或者整个结构发生坍塌，发展成一团不知所以的肽链。 另一个问题是溶剂体系的问题，如果在真空条件下对酶蛋白，特别是膜蛋白进行动力学优化，如果不加约束，很难得出正确的结果。 但值得注意的是，错误的动力学模拟结果的蛋白质评价指标也可能会很好，因为动力学模拟一定会让体系向能量最低的方向发展。所以，蛋白质评价指标只是佐证，不是铁证。 最后的结论是，用于蛋白质模型优化的动力学模拟，时间长短不是很重要，个人认为1-5ns都可以。关键是要对该蛋白的真实构象有一个概念，以此控制动力学模拟的走向，保证系统向正确的方向发展。 8楼的阐述很细致，是很好的理论基础。遇到具体问题还要具体分析。 |
17楼2011-07-01 15:31:55
25楼2011-07-03 21:14:05
