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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 【求助/交流】土壤总DNA的离心柱纯化问题
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camel315

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】土壤总DNA的离心柱纯化问题

目前我在手工提取土壤总DNA的时候，需要用离心柱纯化DNA。DNA粗提液的OD260含量比较低，但230nm的杂质较多。我用Mobio公司的试剂盒就不存在这个问题，他们的离心柱的材质可能比较好，可以有效除去粗提液中的各种杂质。国内商用的纯化试剂盒一般只对PCR产物（或者说片段<10kb)的核酸比较有效，而对基因组DNA的纯化效率比较低(<50%,甚至<30%).各位虫友，有谁用过成熟的（硅胶或者树脂）离心柱，可以有效除杂（主要是腐殖酸和盐类）？不妨给点建议。
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1楼2011-04-11 11:13:23
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:39:32
我也想知道这个问题呢，期待高人的解答
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2楼2011-04-11 11:20:28
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天使托

专家顾问 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wolfebst(金币+1): 谢谢您的参与 2011-04-11 12:24:39
camel315(金币+1): 2011-05-30 09:26:33
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:39:19
你看看bioteke的这个多功能DNA试剂盒可以不？
http://www.bioteke.com/chn/showproduct.asp?id=176
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3楼2011-04-11 11:49:36
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camel315

金虫 (小有名气)
bioteke的试剂盒我问了，50次的1500元，价格还是非常高的，而且不提供试用装。跟mobio的power soil DNA isolation kit差不多了。其实是基于zhou（1996）方法，加入了离心柱除杂步骤。但是他的离心柱不单卖。
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4楼2011-04-11 16:23:50
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camel315

金虫 (小有名气)
其实这个东西对有机分析的人员来说，应该不是什么太难的问题。只是没人或者没有动力去弄这个。
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5楼2011-04-11 16:24:57
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
camel315(金币+1): 2011-05-30 09:27:05
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:38:30
引用回帖:
Originally posted by camel315 at 2011-04-11 11:13:23:
目前我在手工提取土壤总DNA的时候，需要用离心柱纯化DNA。DNA粗提液的OD260含量比较低，但230nm的杂质较多。我用Mobio公司的试剂盒就不存在这个问题，他们的离心柱的材质可能比较好，可以有效除去粗提液中的各种杂 ...

专门用来去除腐殖酸的柱子好像不多
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6楼2011-04-11 21:13:23
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camel315

金虫 (小有名气)
不知哪位虫友知道，现在试剂盒中用到的硅胶膜的孔径或者颗粒是多大的？
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7楼2011-04-19 10:24:12
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
scelab(金币+5, EPI+1): 谢谢热心回复~ 2011-04-20 23:00:11
camel315(金币+2): 2011-05-30 09:26:54
如果不偷懒，可以用两天时间获得无腐殖酸无盐的DNA。

堆肥中提取得到的腐殖酸比平常花园土之类的高几十倍，但腐殖酸一样能除去。腐殖酸的分子量很大，（ http://wenku.baidu.com/view/dad59a274b35eefdc8d33303.html    http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10141-2006067999.htm ）只要过凝胶层析柱就能除去腐殖酸，脱盐也简单，用多几次70%乙醇洗就行。

可以看看庞浩的博士论文，文件太大传不上来。
利用宏基因组技术克隆和鉴定堆肥环境中的纤维素酶基因
http://d.g.wanfangdata.com.cn/Thesis_Y1600277.aspx

[ Last edited by 冼亮淀粉酶 on 2011-4-19 at 14:37 ]
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8楼2011-04-19 14:32:18
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camel315

金虫 (小有名气)
谢谢热心人提供的信息
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9楼2011-04-26 10:15:50
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yabing0324

金虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:38:57
我怎么用MOBIO的也提不出来，愁死了
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10楼2011-07-05 10:28:57
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camel315

金虫 (小有名气)
Mobio对腐殖土还是很对症的。也许你的样品中的微生物数量本来就少。如果是这样，可以考虑富集。同时考虑在提取前，60~65℃水域处理10分钟，提高裂解效率。
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11楼2011-07-06 09:22:08
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
好像上海生工有种试剂，是用来清除提取的DNA中的腐殖质的，但是没用过，不知道有没有人试过呢？
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12楼2011-07-08 10:41:01
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isunflower

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我用的也是MOBIO，效果很不好，肿么办？
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13楼2011-07-22 11:18:17
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camel315

金虫 (小有名气)
mobio有UltroClean和Power Soil DNA之分，后者对腐殖酸效果好。前者不是专门针对高腐殖酸土壤的。其次，它有一个troubleshooting，可以从上面找到一些解决的方法。
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14楼2011-07-24 09:53:42
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lethebai

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1189957楼: Originally posted by yabing0324 at 2011-07-05 10:28:57
我怎么用MOBIO的也提不出来，愁死了

我也是啊 而且总会有浓度纯度都对就是电泳没条带，你有这种情况吗？
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15楼2012-11-19 17:35:26
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xiangchou812

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by lethebai at 2012-11-19 17:35:26
我也是啊 而且总会有浓度纯度都对就是电泳没条带，你有这种情况吗？...

我也遇到这种情况了呀，浓度30ng/vl，OD260/280也挺好，但就是260/230只有1.2左右，同样扩增不到条带。
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16楼2014-05-05 09:12:22
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