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camel315

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】土壤总DNA的离心柱纯化问题

目前我在手工提取土壤总DNA的时候,需要用离心柱纯化DNA。DNA粗提液的OD260含量比较低,但230nm的杂质较多。我用Mobio公司的试剂盒就不存在这个问题,他们的离心柱的材质可能比较好,可以有效除去粗提液中的各种杂质。国内商用的纯化试剂盒一般只对PCR产物(或者说片段<10kb)的核酸比较有效,而对基因组DNA的纯化效率比较低(<50%,甚至<30%).各位虫友,有谁用过成熟的(硅胶或者树脂)离心柱,可以有效除杂(主要是腐殖酸和盐类)?不妨给点建议。
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)


camel315(金币+1): 2011-07-07 09:39:32
我也想知道这个问题呢,期待高人的解答
2楼2011-04-11 11:20:28
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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
wolfebst(金币+1): 谢谢您的参与 2011-04-11 12:24:39
camel315(金币+1): 2011-05-30 09:26:33
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:39:19
你看看bioteke的这个多功能DNA试剂盒可以不?
http://www.bioteke.com/chn/showproduct.asp?id=176
3楼2011-04-11 11:49:36
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camel315

金虫 (小有名气)


bioteke的试剂盒我问了,50次的1500元,价格还是非常高的,而且不提供试用装。跟mobio的power soil DNA isolation kit差不多了。其实是基于zhou(1996)方法,加入了离心柱除杂步骤。但是他的离心柱不单卖。
4楼2011-04-11 16:23:50
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camel315

金虫 (小有名气)


其实这个东西对有机分析的人员来说,应该不是什么太难的问题。只是没人或者没有动力去弄这个。
5楼2011-04-11 16:24:57
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
camel315(金币+1): 2011-05-30 09:27:05
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:38:30
引用回帖:
Originally posted by camel315 at 2011-04-11 11:13:23:
目前我在手工提取土壤总DNA的时候,需要用离心柱纯化DNA。DNA粗提液的OD260含量比较低,但230nm的杂质较多。我用Mobio公司的试剂盒就不存在这个问题,他们的离心柱的材质可能比较好,可以有效除去粗提液中的各种杂 ...

专门用来去除腐殖酸的柱子好像不多
6楼2011-04-11 21:13:23
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camel315

金虫 (小有名气)


不知哪位虫友知道,现在试剂盒中用到的硅胶膜的孔径或者颗粒是多大的?
7楼2011-04-19 10:24:12
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
scelab(金币+5, EPI+1): 谢谢热心回复~ 2011-04-20 23:00:11
camel315(金币+2): 2011-05-30 09:26:54
如果不偷懒,可以用两天时间获得无腐殖酸无盐的DNA。

堆肥中提取得到的腐殖酸比平常花园土之类的高几十倍,但腐殖酸一样能除去。腐殖酸的分子量很大,( http://wenku.baidu.com/view/dad59a274b35eefdc8d33303.html    http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10141-2006067999.htm )只要过凝胶层析柱就能除去腐殖酸,脱盐也简单,用多几次70%乙醇洗就行。

可以看看庞浩的博士论文,文件太大传不上来。
利用宏基因组技术克隆和鉴定堆肥环境中的纤维素酶基因
http://d.g.wanfangdata.com.cn/Thesis_Y1600277.aspx

[ Last edited by 冼亮淀粉酶 on 2011-4-19 at 14:37 ]
8楼2011-04-19 14:32:18
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camel315

金虫 (小有名气)


谢谢热心人提供的信息
9楼2011-04-26 10:15:50
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yabing0324

金虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
camel315(金币+1): 2011-07-07 09:38:57
我怎么用MOBIO的也提不出来,愁死了
10楼2011-07-05 10:28:57
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camel315

金虫 (小有名气)


Mobio对腐殖土还是很对症的。也许你的样品中的微生物数量本来就少。如果是这样,可以考虑富集。同时考虑在提取前,60~65℃水域处理10分钟,提高裂解效率。
11楼2011-07-06 09:22:08
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
好像上海生工有种试剂,是用来清除提取的DNA中的腐殖质的,但是没用过,不知道有没有人试过呢?
12楼2011-07-08 10:41:01
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isunflower

新虫 (初入文坛)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我用的也是MOBIO,效果很不好,肿么办?
13楼2011-07-22 11:18:17
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camel315

金虫 (小有名气)


mobio有UltroClean和Power Soil DNA之分,后者对腐殖酸效果好。前者不是专门针对高腐殖酸土壤的。其次,它有一个troubleshooting,可以从上面找到一些解决的方法。
14楼2011-07-24 09:53:42
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lethebai

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1189957楼: Originally posted by yabing0324 at 2011-07-05 10:28:57
我怎么用MOBIO的也提不出来,愁死了

我也是啊 而且总会有浓度纯度都对就是电泳没条带,你有这种情况吗?
15楼2012-11-19 17:35:26
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xiangchou812

木虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by lethebai at 2012-11-19 17:35:26
我也是啊 而且总会有浓度纯度都对就是电泳没条带,你有这种情况吗?...

我也遇到这种情况了呀,浓度30ng/vl,OD260/280也挺好,但就是260/230只有1.2左右,同样扩增不到条带。
16楼2014-05-05 09:12:22
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