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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计问题
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love_st

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】引物设计问题

我在NCBI下载的序列，然后比对，软件设计，现在想用另一条链设计，那是不是要把这些序列全部转换成反补序列后重新比对进行设计？
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1楼 2010-11-30 10:59:38
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fjt198719

木虫 (著名写手)
★
lstt09nk(金币+1):感谢交流 2010-11-30 11:44:41
love_st(金币+1):就是因为这条链一直得不到理想的结果 2010-11-30 14:08:57
NCBI下载的基因序列一般都是ATG开始的正义链序列，何必用另外一条链呢。
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2楼2010-11-30 11:27:22
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yoyoyoyo3985

金虫 (小有名气)
楼上正解
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3楼2010-11-30 11:38:56
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)
love_st(金币+1):怎么会一样呢？ 2010-11-30 14:13:32
2楼正解
就用正义链设计就行了
何必要用反义链那
其实就算你用另一条链，引物其实也是一样的
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4楼2010-11-30 12:31:59
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)
love_st(金币+1):那如果想用所谓的反义链设计，是不是就把序列反补过来进行设计是吗？ 2010-11-30 14:10:21
引用回帖:
Originally posted by fjt198719 at 2010-11-30 11:27:22:
NCBI下载的基因序列一般都是ATG开始的正义链序列，何必用另外一条链呢。

支持！直接P吧
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5楼2010-11-30 13:35:54
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bettyshan

木虫 (正式写手)
不用的~~~和2楼说的就好了`
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6楼2010-11-30 13:49:05
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love_st

金虫 (著名写手)
求解哦
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7楼2010-11-30 14:17:29
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
love_st(金币+2):因为在设计探针时候，正义链的G含量太多，所以用反义链来设计，谢谢！ 2010-11-30 15:03:11
反义链咋扩，除非先合成双联cDNA，实在想扩的话可以用软件将序列反向互补，没做过，估计也没多大意思，正义链扩不出来的话说明你的扩增条件有问题，优化一下就好了，基本上没有扩不出来的
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8楼2010-11-30 14:49:15
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
有些时候会遇到这样的问题，那也没办法，尽量通过引物长度改一下就行。
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9楼2010-11-30 15:09:31
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天使托

专家顾问 (职业作家)
直接就可以了!
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10楼2010-11-30 16:17:15
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fjt198719

木虫 (著名写手)
不用担心，我用55度退火扩增200-3000bp片段任何都没问题，SOE-PCR融合5个片段也没问题，引物有的50bp，有的30bp，一起扩都没问题，感觉就跟菌的GC含量有关，个人愚见
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11楼2010-11-30 17:07:33
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younne621

银虫 (初入文坛)
用正义链就可以啊
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12楼2010-11-30 20:58:39
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