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love_st

金虫 (著名写手)


[交流] 【求助/交流】引物设计问题

我在NCBI下载的序列,然后比对,软件设计,现在想用另一条链设计,那是不是要把这些序列全部转换成反补序列后重新比对进行设计?
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fjt198719

木虫 (著名写手)



lstt09nk(金币+1):感谢交流 2010-11-30 11:44:41
love_st(金币+1):就是因为这条链一直得不到理想的结果 2010-11-30 14:08:57
NCBI下载的基因序列一般都是ATG开始的正义链序列,何必用另外一条链呢。
2楼2010-11-30 11:27:22
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yoyoyoyo3985

金虫 (小有名气)


楼上正解
3楼2010-11-30 11:38:56
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love_st(金币+1):怎么会一样呢? 2010-11-30 14:13:32
2楼正解
就用正义链设计就行了
何必要用反义链那
其实就算你用另一条链,引物其实也是一样的
4楼2010-11-30 12:31:59
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love_st(金币+1):那如果想用所谓的反义链设计,是不是就把序列反补过来进行设计是吗? 2010-11-30 14:10:21
引用回帖:
Originally posted by fjt198719 at 2010-11-30 11:27:22:
NCBI下载的基因序列一般都是ATG开始的正义链序列,何必用另外一条链呢。

支持!直接P吧
5楼2010-11-30 13:35:54
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bettyshan

木虫 (正式写手)


不用的~~~和2楼说的就好了`
6楼2010-11-30 13:49:05
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love_st

金虫 (著名写手)


求解哦
7楼2010-11-30 14:17:29
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hyw1989960

木虫 (正式写手)


love_st(金币+2):因为在设计探针时候,正义链的G含量太多,所以用反义链来设计,谢谢! 2010-11-30 15:03:11
反义链咋扩,除非先合成双联cDNA,实在想扩的话可以用软件将序列反向互补,没做过,估计也没多大意思,正义链扩不出来的话说明你的扩增条件有问题,优化一下就好了,基本上没有扩不出来的
8楼2010-11-30 14:49:15
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hyw1989960

木虫 (正式写手)


有些时候会遇到这样的问题,那也没办法,尽量通过引物长度改一下就行。
9楼2010-11-30 15:09:31
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直接就可以了!
10楼2010-11-30 16:17:15
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fjt198719

木虫 (著名写手)


不用担心,我用55度退火扩增200-3000bp片段任何都没问题,SOE-PCR融合5个片段也没问题,引物有的50bp,有的30bp,一起扩都没问题,感觉就跟菌的GC含量有关,个人愚见
11楼2010-11-30 17:07:33
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younne621

银虫 (初入文坛)


用正义链就可以啊
12楼2010-11-30 20:58:39
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