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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

[交流] 【求助】怎样固定某个分子(不优化)优化其它分子 ?

请问:     想优化两个分子之间的相互作用,能把某个分子固
定住(不优化)先优化另一个分子吗?这是冻结核吗?

想固定优化,需要把坐标后面加上0,还需不需要其他的?
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独立之精神自由之思想
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

oyljw(金币+2):谢谢您的回复 2010-10-25 14:17:57
你直接把另一个分子的所有原子都固定就可以了
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-25 13:21:46
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

这是冻结原子不参加优化。
需要把坐标中的原子后面空格之后加上“-1”

例子
C -1  X   Y   Z
独立之精神自由之思想
3楼2010-10-25 18:37:08
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3867826

木虫 (著名写手)

oyljw(金币+1): 2010-10-25 20:42:24
oyljw(金币+1): 2010-10-26 11:11:34
去看版主的FAQ 上面有!
拒稿,终于体会到了!乱写接受,认真写拒稿,这就是2和4的区别吗?
4楼2010-10-25 18:45:53
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

我看到版主的帖子了
“(3.2)
想固定某部分原子(键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。)怎么做?


  Quote:
1.opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号,例如
1 2 f,限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f,限制1-2-3-4原子间二面角
2.使用constants指定,如下例可以固定水的键角105.4度
O
H1 O R
H2 O R H1 A
Variables:
R 1.0
Constants:
A 105.4
3.使用列标记,把直角坐标下的第二列改为-1,则会固定原子坐标,
改为比-1还小的数值,这些被改动的原子间的相对位置固定。 ”

感谢版主和楼上的!
独立之精神自由之思想
5楼2010-10-26 11:13:42
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

oyljw(金币+2): 2010-10-27 15:55:36
直接固定原子就好,可视化的情况下,直接选择需要固定的部分就成。
6楼2010-10-26 12:12:38
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29050801

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
为什么采用-1 0的方法优化
优化结束后发现优化过程当中设置成固定的原子也存在部分移动呢?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
7楼2013-11-16 09:01:45
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

引用回帖:
7楼: Originally posted by 29050801 at 2013-11-16 09:01:45
为什么采用-1 0的方法优化
优化结束后发现优化过程当中设置成固定的原子也存在部分移动呢?

不知道啊  我就用过一次啊 结果符合我的要求(收敛 并且结构不散架子)我没仔细看变没变化啊,我觉得变化一点也没关系吧
独立之精神自由之思想
8楼2013-11-16 11:17:24
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29050801

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by oyljw at 2013-11-16 11:17:24
不知道啊  我就用过一次啊 结果符合我的要求(收敛 并且结构不散架子)我没仔细看变没变化啊,我觉得变化一点也没关系吧...

是我糊涂了
好像设置的 0 -1 保存的时候出问题了
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
9楼2013-11-16 19:40:33
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