24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1083  |  回复: 8

oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

[交流] 【求助】怎样固定某个分子(不优化)优化其它分子 ?

请问:     想优化两个分子之间的相互作用,能把某个分子固
定住(不优化)先优化另一个分子吗?这是冻结核吗?

想固定优化,需要把坐标后面加上0,还需不需要其他的?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

独立之精神自由之思想
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

oyljw(金币+2):谢谢您的回复 2010-10-25 14:17:57
你直接把另一个分子的所有原子都固定就可以了
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-25 13:21:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

这是冻结原子不参加优化。
需要把坐标中的原子后面空格之后加上“-1”

例子
C -1  X   Y   Z
独立之精神自由之思想
3楼2010-10-25 18:37:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3867826

木虫 (著名写手)

oyljw(金币+1): 2010-10-25 20:42:24
oyljw(金币+1): 2010-10-26 11:11:34
去看版主的FAQ 上面有!
拒稿,终于体会到了!乱写接受,认真写拒稿,这就是2和4的区别吗?
4楼2010-10-25 18:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

我看到版主的帖子了
“(3.2)
想固定某部分原子(键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。)怎么做?


  Quote:
1.opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号,例如
1 2 f,限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f,限制1-2-3-4原子间二面角
2.使用constants指定,如下例可以固定水的键角105.4度
O
H1 O R
H2 O R H1 A
Variables:
R 1.0
Constants:
A 105.4
3.使用列标记,把直角坐标下的第二列改为-1,则会固定原子坐标,
改为比-1还小的数值,这些被改动的原子间的相对位置固定。 ”

感谢版主和楼上的!
独立之精神自由之思想
5楼2010-10-26 11:13:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)

oyljw(金币+2): 2010-10-27 15:55:36
直接固定原子就好,可视化的情况下,直接选择需要固定的部分就成。
6楼2010-10-26 12:12:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
为什么采用-1 0的方法优化
优化结束后发现优化过程当中设置成固定的原子也存在部分移动呢?
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
7楼2013-11-16 09:01:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

引用回帖:
7楼: Originally posted by 29050801 at 2013-11-16 09:01:45
为什么采用-1 0的方法优化
优化结束后发现优化过程当中设置成固定的原子也存在部分移动呢?

不知道啊  我就用过一次啊 结果符合我的要求(收敛 并且结构不散架子)我没仔细看变没变化啊,我觉得变化一点也没关系吧
独立之精神自由之思想
8楼2013-11-16 11:17:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by oyljw at 2013-11-16 11:17:24
不知道啊  我就用过一次啊 结果符合我的要求(收敛 并且结构不散架子)我没仔细看变没变化啊,我觉得变化一点也没关系吧...

是我糊涂了
好像设置的 0 -1 保存的时候出问题了
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
9楼2013-11-16 19:40:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 oyljw 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京理工大学本科211材料工程294求调剂 +6 mikasa的围巾 2026-03-28 6/300 2026-03-29 01:32 by fmesaito
[硕博家园] 求调剂 330分 085600材料与化工 +3 gqhhh 2026-03-22 3/150 2026-03-29 00:52 by 544594351
[考研] 086000生物与医药调剂 +3 Feisty。 2026-03-28 7/350 2026-03-29 00:41 by 544594351
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +7 芋泥小铃铛 2026-03-28 7/350 2026-03-28 21:38 by 小木虫tim
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-27 5/250 2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 一志愿华北电力大学能动专硕,293,求调剂 +3 15537177284 2026-03-23 5/250 2026-03-28 16:11 by xxxsssccc
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +5 niko- 2026-03-27 5/250 2026-03-28 14:25 by 唐沐儿
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 277跪求调剂 +5 1915668 2026-03-27 9/450 2026-03-28 09:58 by zhshch
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 12/600 2026-03-27 14:43 by shangxh
[考研] 085601 材料工程 313分 求调剂 +5 Ong3 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:24 by goldfish51
[考研] 284求调剂 +11 junqihahaha 2026-03-26 12/600 2026-03-27 04:37 by wxiongid
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +6 13831862839 2026-03-24 7/350 2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 一志愿吉林大学材料与化工303分求调剂 +4 为学666 2026-03-24 4/200 2026-03-25 11:27 by BruceLiu320
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
信息提示
请填处理意见