应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，求详细步骤
91/1返回列表
查看: 3215  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，求详细步骤

怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，得到pdb文件，求详细步骤，thank you!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
牛逼从勤奋开始
1楼 2013-08-15 10:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-15 11:59:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件

能有更详细一点的操作么，本人菜鸟
赞一下 回复此楼
牛逼从勤奋开始
3楼2013-08-15 12:06:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watyu123

铁虫 (小有名气)
还有人知道么
回复此楼
牛逼从勤奋开始
4楼2013-08-15 12:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件

计算电荷在哪里？
赞一下 回复此楼
牛逼从勤奋开始
5楼2013-08-15 12:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stevenchem

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
watyu123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦 2013-08-16 15:33:00
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calculations下面extended huckel下面calculate charges。
4.至于pdb文件，在保存时选择保存为pdb的格式就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-08-16 12:41:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

你好，我不做gamess可以么？因为分子比较复杂电脑吃不消，然后做完第三步保存成pdb文件后，用ADT却打不开了？说会出现错误
赞一下 回复此楼
牛逼从勤奋开始
7楼2013-08-22 18:32:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

第三步计算电荷的方法是加的Gasteiger-Huckel电荷吗？分子对接前小分子的处理是不是都需要加电荷，与所用对接软件无关？是这样吗？您的回复对我帮助很大。谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2013-08-23 08:42:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenhui1024

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

你好，为什么我用chembio3d优化时，总是出现warning，no atoms types assigned to the selected atoms.
赞一下 回复此楼
9楼2018-05-28 15:04:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 watyu123 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +11 晴天加油 2026-08-26 12/600 2026-08-28 01:22 by li09465290@
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 XLGfUIdOmEAO 2026-08-27 3/150 2026-08-28 00:49 by 3RAFyYXYSwGS
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭