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watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子,求详细步骤

怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子,得到pdb文件,求详细步骤,thank you!
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牛逼从勤奋开始
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stevenchem

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
watyu123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦 2013-08-16 15:33:00
我一般分两步优化:
1.先用分子力场MM2做简单优化(分子画好后,点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个)
2.优化好后,再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize,直接点Run即可。
3.查看电荷在calculations下面extended huckel下面calculate charges。
4.至于pdb文件,在保存时选择保存为pdb的格式就可以了。
6楼2013-08-16 12:41:08
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我是这么处理的:
  画完结构后,打开3d模式,然后用minimum energy处理进行能量最小化,然后保存成mo2格式文件,最后在Mgtools里面处理mo2文件,加氢、计算电荷、合并非极性氢,然后保存成pdb文件
2楼2013-08-15 11:59:24
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watyu123

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的:
  画完结构后,打开3d模式,然后用minimum energy处理进行能量最小化,然后保存成mo2格式文件,最后在Mgtools里面处理mo2文件,加氢、计算电荷、合并非极性氢,然后保存成pdb文件

能有更详细一点的操作么,本人菜鸟
牛逼从勤奋开始
3楼2013-08-15 12:06:28
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watyu123

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的:
  画完结构后,打开3d模式,然后用minimum energy处理进行能量最小化,然后保存成mo2格式文件,最后在Mgtools里面处理mo2文件,加氢、计算电荷、合并非极性氢,然后保存成pdb文件

计算电荷在哪里?
牛逼从勤奋开始
5楼2013-08-15 12:14:58
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