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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，求详细步骤
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watyu123

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，求详细步骤

怎么利用chembio3D优化自己画的配体分子，得到pdb文件，求详细步骤，thank you!
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牛逼从勤奋开始
1楼 2013-08-15 10:14:14
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件
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2楼2013-08-15 11:59:24
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watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件

能有更详细一点的操作么，本人菜鸟
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牛逼从勤奋开始
3楼2013-08-15 12:06:28
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watyu123

铁虫 (小有名气)
还有人知道么
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牛逼从勤奋开始
4楼2013-08-15 12:06:43
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watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-08-15 11:59:24
我是这么处理的：
  画完结构后，打开3d模式，然后用minimum energy处理进行能量最小化，然后保存成mo2格式文件，最后在Mgtools里面处理mo2文件，加氢、计算电荷、合并非极性氢，然后保存成pdb文件

计算电荷在哪里？
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牛逼从勤奋开始
5楼2013-08-15 12:14:58
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stevenchem

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
watyu123: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢啦 2013-08-16 15:33:00
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calculations下面extended huckel下面calculate charges。
4.至于pdb文件，在保存时选择保存为pdb的格式就可以了。
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6楼2013-08-16 12:41:08
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watyu123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

你好，我不做gamess可以么？因为分子比较复杂电脑吃不消，然后做完第三步保存成pdb文件后，用ADT却打不开了？说会出现错误
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牛逼从勤奋开始
7楼2013-08-22 18:32:12
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

第三步计算电荷的方法是加的Gasteiger-Huckel电荷吗？分子对接前小分子的处理是不是都需要加电荷，与所用对接软件无关？是这样吗？您的回复对我帮助很大。谢谢
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8楼2013-08-23 08:42:40
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wenhui1024

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by stevenchem at 2013-08-16 12:41:08
我一般分两步优化：
1.先用分子力场MM2做简单优化（分子画好后，点击图标MM2,就是下面有黑色箭头的一个）
2.优化好后，再点calculations下面GAMESS interface下面Minimize，直接点Run即可。
3.查看电荷在calcula ...

你好，为什么我用chembio3d优化时，总是出现warning，no atoms types assigned to the selected atoms.
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9楼2018-05-28 15:04:50
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