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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 构象搜索与能量优化有什么区别
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qchj2004

金虫 (正式写手)

[交流] 构象搜索与能量优化有什么区别

我看计算方面的文献，总是对分子先进行构象搜索，再进行能量优化，不懂之处：构象搜索是计算各种构象的能量，选取最小值，能量优化也是选取最小值，他们二者到底有什么区别了，为什么不能一次进行完毕，非得按两次完成？
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1楼2014-07-22 11:09:30
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 13:46:13
本帖内容被屏蔽
2楼2014-07-22 13:30:38
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qchj2004

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-07-22 13:30:38
不同的构象有不同的能量极小值 注意 是极小值

我在网上查了一下，知道如果不进行构象搜索的话，有可能得到的是局部最小，而不是全局最小，可是为什么：构象搜索就能全局搜索，而能量优化办不到了？再说构象搜索的本来搜索的就是单个构象，既然已经得到了全局最优，为何还要在此基础上能量优化了？构象搜索本来就是得到的单个构象啊！！！
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3楼2014-07-22 17:09:12
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
4楼2014-07-22 17:16:18
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004: 金币+5, 讲的很清楚，谢谢 2014-07-23 17:22:40
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-26 16:46:10
举个例子你就明白了，六元烷烃环有船式和椅式两种构型，你去做能量优化的话，最终得到船式还是椅式，取决于你输入进去的初始构型更靠近哪个。所以能量优化只能给出你一个优化好的结构，至于是不是还存在其它构象，它回答不了。而构象搜索可以帮你发现不同的构型，比如，一搜，发现了有船式和椅式两种。那么，这两种构象的能量差多少，哪个更低呢？这时候需要对这种两种构型分别进行结构优化，计算出其势能，然后才能 进行比较。

至于这个过程为什么不能一次进行完毕，是因为你不了解构想搜索的方法。构象搜索一般使用分子动力学或者蒙特卡洛等方法进行随即搜索，所搜到的构象并不处在能量最低的构型上，必须提取出来，再做一个能量优化。
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5楼2014-07-23 04:52:21
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xzh410512206

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-07-23 04:52:21
举个例子你就明白了，六元烷烃环有船式和椅式两种构型，你去做能量优化的话，最终得到船式还是椅式，取决于你输入进去的初始构型更靠近哪个。所以能量优化只能给出你一个优化好的结构，至于是不是还存在其它构象，它 ...

您说的我受益匪浅。。。那构象搜索和柔性扫描势能面有什么区别呢？？我是这样做的：先对初始分子结构进行优化，得到一个稳定构象；然后在此基础进行柔性势能面scan，在势能曲线上找到 能量最小值。但我的问题是，初始优化得到的构象  一定是所有构象中最稳定的吗？？？
求解。。。感谢。。。。
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6楼2015-06-06 09:15:03
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