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qchj2004金虫 (正式写手)
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[交流]
构象搜索与能量优化有什么区别
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| 我看计算方面的文献，总是对分子先进行构象搜索，再进行能量优化，不懂之处：构象搜索是计算各种构象的能量，选取最小值，能量优化也是选取最小值，他们二者到底有什么区别了，为什么不能一次进行完毕，非得按两次完成？ |
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 分子模拟 |
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qchj2004
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3楼2014-07-22 17:09:12
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 13:46:13
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 13:46:13
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本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-07-22 13:30:38
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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4楼2014-07-22 17:16:18
ChemiAndy
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004: 金币+5, 讲的很清楚，谢谢 2014-07-23 17:22:40
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-26 16:46:10
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
qchj2004: 金币+5, 讲的很清楚，谢谢 2014-07-23 17:22:40
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-26 16:46:10
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举个例子你就明白了，六元烷烃环有船式和椅式两种构型，你去做能量优化的话，最终得到船式还是椅式，取决于你输入进去的初始构型更靠近哪个。所以能量优化只能给出你一个优化好的结构，至于是不是还存在其它构象，它回答不了。而构象搜索可以帮你发现不同的构型，比如，一搜，发现了有船式和椅式两种。那么，这两种构象的能量差多少，哪个更低呢？这时候需要对这种两种构型分别进行结构优化，计算出其势能，然后才能 进行比较。 至于这个过程为什么不能一次进行完毕，是因为你不了解构想搜索的方法。构象搜索一般使用分子动力学或者蒙特卡洛等方法进行随即搜索，所搜到的构象并不处在能量最低的构型上，必须提取出来，再做一个能量优化。 |
5楼2014-07-23 04:52:21
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