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wgl365

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做过大引物全质粒PCR的进来看

最近在做大引物全质粒PCR以构建随机突变文库,参考的文献是Creating Random Mutagenesis Libraries by Megaprimer PCR of Whole Plasmid (MEGAWHOP)
作者:Kentaro Miyazaki。文章出自Directed Evolution Library Creation:methods and protocols  (Methods in Molecular Biology, 2003, Volume 231, I, 23-28, DOI: 10.1385/1-59259-395-X:23 ) ,此外还有一篇文章Creating random mutagenesis libraries using megaprimer PCR of whole plasmid,作者:Miyazaki K, Takenouchi ,文章出自.Biotechniques. 2002 Nov;33(5):1033-4, 1036-8.

这里我是用易错PCR的产物做大引物,易错PCR回收电泳图如1所示,用的是2000的marker,易错PCR产物在1000bp左右,这个没什么问题,可是在大引物PCr结果如图2所示,我的目标质粒是7K,两边为marker,一个5000,一个10000,中间两个是结果,求解,为什么加样孔处一片亮而没有我的目的带,照道理即便条件没有优化至少也该有目的为7K的带吧。凝胶凝固后放的时间有点长了,跑的结果不好。
我大引物PCr用的是Takara的PrimeSTAR HS DNA Polymerase,浓度:2.5U/uL,pcr的反应体系总计50uL:其中大引物约0.5ug,模版DNA50ng,0.2mM的dNTP,PrimeSTAR HS DNA Polymerase用0.5ul,也就是1.25U,我的目标质粒是7K,PCR反应程序:98 ℃,1min——98℃,10s——55℃,5s——72℃,7min——72℃,7min——4℃保存(基本按酶的使用说明书进行)。反应共20个循环,求高人解答为什么会变成这个样子。
图1-易错PCR产物回收

图2-大引物PCR结果


[ Last edited by wgl365 on 2010-8-31 at 20:44 ]
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思想是行动的种子!
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xiangshengyan

木虫 (正式写手)

wgl365(金币+1):感谢顶帖 2010-08-31 21:04:23
我觉得没跑开 你的PCR还是成功的 7K很大了 不知道你的胶的浓度时多少
ANNA&KEVIN
3楼2010-08-31 20:52:55
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wgl365

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by xiangshengyan at 2010-08-31 20:52:55:
我觉得没跑开 你的PCR还是成功的 7K很大了 不知道你的胶的浓度时多少

1%的琼脂糖凝胶,不是7k太大的原因,10000的marker都能跑开,平时我们跑毕赤酵母的pPIC9k也是这个浓度,都能跑开
思想是行动的种子!
4楼2010-08-31 21:03:56
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墨香若水

木虫 (著名写手)

小小囧虫

wgl365(金币+5):呵呵,试试 2010-10-05 19:40:08
又是你啊。不知你实验怎么样,刚看到你的求助。
我的建议:
1.不要用primerstar,用Pfu.
2酶量50微升体系要加1u的酶,因为P的时间比较长。
3程序按照文献的程序
GOOD LUCK
别忘给我金币
仕不可不弘毅,任重而道远
5楼2010-10-04 21:43:10
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newrqi

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
TMD,跟我的结果一模一样
6楼2012-09-25 21:08:11
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