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feitianrenwo木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助/交流】求助基因克隆方面的问题解决方案已有10人参与
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求助基因克隆方面的问题解决方案 本人正在克隆一个微生物的一个基因，设计简并引物扩增基因组DNA，获得了几个DNA片段，在NCBI里比对，与一些微生物的同源性达到80%以上，我想知道有了这些DNA片段的序列，如何知道相应的氨基酸序列呢？然后如何得到该基因的全长？（已经知道没有内含子） |
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entomology557
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feitianrenwo(金币+1):谢谢参与
scelab(金币+3):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-05-15 21:58:31
feitianrenwo(金币+1): 2010-05-16 09:44:11
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feitianrenwo(金币+1): 2010-05-16 09:44:11
| 恩，8k是有点难弄的，需要摸摸条件，不是一次性就能很顺利出来的。当然根据同源保守序列设计的引物跑出来的产物也不一定对的，需要不断的测序，上ncbi比对，如果比对结果和预期相符再考虑race或walking，没有全基因组或转录组数据拿全长是需要花费不少时间的，特别是你这么长的序列。当然你说的翻译啥的不用考虑太多吧，直接上blastx，tblastx等就会自动帮你翻译去比对蛋白了，这个不是问题，关键是先要保证p出来的片段测序后是自己需要的目的基因上的，才能往下继续调整后获取全长 |
10楼2010-05-15 21:23:42
2楼2010-05-14 19:57:24
yujiaping1
木虫 (著名写手)
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scelab(金币+3):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-05-14 21:16:28
feitianrenwo(金币+3): 2010-05-15 09:44:14
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feitianrenwo(金币+1): 2010-05-16 09:44:35
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首先楼主要说明白，获得的片段是从头到尾的，还是只是一部分，就是说楼主要说明白引物是怎么设计的，在什么位置设计的，明确这一点的目的是要知道是否包含完整的阅读框。 如果楼主PCR所用引物比较靠近两端，就是说基本能包含完整的阅读框，那么直接使用NCBI的ORF fineder就可以了，可以直接找到整个开放阅读框，并且翻译出氨基酸序列，包含起始密码子和终止密码子 |
3楼2010-05-14 20:39:21
feitianrenwo
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4楼2010-05-15 09:52:57