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【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与
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我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成? 另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!! |
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4楼2010-01-25 09:45:24
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不好意思,又有问题麻烦你了. 我用ms建立我的体系以后生成了一个带有xyz坐标的文件*.pdb 我想通过编程把里面的格式给修改成config格式. config中原子的坐标的格式是下面这样的. CT 1 -5.367652772 -4.974650238 -5.990217152 -3.753414027 -2.997453843 4.469020573 -4347.618322 785.7157385 1473.633382 我想问: 在编程的输出,对于config 第一行 CT 和 1 之间的空格应该有几个合适,随便多少都合适吗? 在第二行的开头这里的空格要不要?如果要,留几个空格合适,谢谢! 还有一个疑问就是在config开头有一个变量natoms是定义原子的数目,我查看了几个例子发现这个natoms的数目和config中包含的数目不一致..有的config文件中这个变量都没有设定?这是怎么一回事? [ Last edited by tpp001 on 2010-1-27 at 22:07 ] |
11楼2010-01-27 21:58:11
79楼2010-04-16 08:44:22
80楼2010-04-16 17:03:18
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2楼2010-01-24 16:53:03
3楼2010-01-24 20:21:22
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呵呵,你说的不错....我就是想运行一下软件中的例子,因为从来没有用过dl_poly, 想知道什么命令能让软件运行起来..我不清楚我这个请求是不是很麻烦,谢谢... 我以为是我体系的技术问题呢... 具体问题我想问一下,大家的config文件都是怎么生成的....看了其他帖子,有的说自己编程,有的说用ms生成xyz坐标... 另外,有帖子说 config要求盒子的中心是坐标的原点,可是我在manual上没有看到,这个是必须的吗? 还有就是在config文件中的开头: Lennard-Jones Argon 2 3 255 -176595.066855 这行中 -176595.066855,手册说 engcfg real configuration energy in DL_poly units 我想知道这个 configuration energy 一般都是怎么得到的,单位是j/mol把?因为可能要自己写config文件,所以想知道清楚些,谢谢. |
5楼2010-01-25 11:06:33
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6楼2010-01-25 11:30:31
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非常感谢你的回复,我这里又有几个问题请教 1.对于体系的config 文件的生成,我打算这样来做: 用ms来建立我的体系的初试结构.然后导出一个xyz坐标的文件, 既然dl_poly要求盒子的中心是体系的原点,而ms中原点在盒子的一个顶点0上,我如果把ms导出的xyz坐标，都减去盒子长度的一半就是体系的原点就在盒子的中心了，不知道这样行吗？ 2. 因为建立体系，在进行动力学模拟以前，要对体系进行relaxation。可是我不知道应该怎么样写进行optimising的control 文件，能不能给我传一个进行optimising的control模板。如果有的话，能不能顺便再给我传一个进行MD模拟的control文件。谢谢。 3. 在control文件中的 jobtime 应该怎么设定，有没有什么经验来确定一下。 |
7楼2010-01-25 16:13:30
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8楼2010-01-25 18:45:53
9楼2010-01-25 22:18:42
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10楼2010-01-26 08:02:29
