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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成?? 已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2010-01-24 16:25:51
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个，大概很难有人能帮上你的忙，除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?
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3楼2010-01-24 20:21:22
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 09:45:24:
难处在于，谁肯费这个时间教你呢？你多少也应该自己学一些，然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程，给你个完整的例子，换了你，你愿意干么？就算你愿意，你有那个时间么？大家都很忙啊。 ...

呵呵,你说的不错....我就是想运行一下软件中的例子,因为从来没有用过dl_poly, 想知道什么命令能让软件运行起来..我不清楚我这个请求是不是很麻烦,谢谢...
我以为是我体系的技术问题呢...
具体问题我想问一下,大家的config文件都是怎么生成的....看了其他帖子,有的说自己编程,有的说用ms生成xyz坐标...
另外,有帖子说 config要求盒子的中心是坐标的原点,可是我在manual上没有看到,这个是必须的吗?
还有就是在config文件中的开头:
Lennard-Jones Argon
             2               3            255            -176595.066855
这行中  -176595.066855,手册说  engcfg    real  configuration energy in DL_poly units 我想知道这个 configuration energy 一般都是怎么得到的,单位是j/mol把?因为可能要自己写config文件,所以想知道清楚些,谢谢.
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5楼2010-01-25 11:06:33
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 11:30:31:
1. 自己编程，按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围，也许程序会自己变成这个样，我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。

非常感谢你的回复,我这里又有几个问题请教
1.对于体系的config 文件的生成,我打算这样来做:
   用ms来建立我的体系的初试结构.然后导出一个xyz坐标的文件, 既然dl_poly要求盒子的中心是体系的原点,而ms中原点在盒子的一个顶点0上,我如果把ms导出的xyz坐标，都减去盒子长度的一半就是体系的原点就在盒子的中心了，不知道这样行吗？
2. 因为建立体系，在进行动力学模拟以前，要对体系进行relaxation。可是我不知道应该怎么样写进行optimising的control 文件，能不能给我传一个进行optimising的control模板。如果有的话，能不能顺便再给我传一个进行MD模拟的control文件。谢谢。
3. 在control文件中的 jobtime 应该怎么设定，有没有什么经验来确定一下。
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7楼2010-01-25 16:13:30
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 18:45:53:
1.可行。
2.DLPOLY提供的有一些例子，请自行下载。relaxation的方法很多，你要先确定自己想怎么搞，然后考虑怎样把它写成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么几条，反复阅读一下自然会懂。
3.j ...

有一个疑问:
在control文件中
timestep 单位是 ps，一般设定大小为 0.001ps
jobtime和closetime, 手册中例子设定的数据是1200， 100。 单位是什么?看了手册上面有这样的语句 set job time to f second.  它的单位是 s吗，如果是s,这跑MD的步数是不是有点多啦。那这实际上恐怕要费很长的时间把？
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9楼2010-01-25 22:18:42
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-26 08:02:29:
jobtime和closetime,单位是秒。这个时间是真实的时间，就是你计算机运行的时间。这两个命令控制的是你计算机的作业时间。就是说你打算用多少机时来搞这个计算。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-1-26 at 0 ...

不好意思,又有问题麻烦你了.
我用ms建立我的体系以后生成了一个带有xyz坐标的文件*.pdb
我想通过编程把里面的格式给修改成config格式.
config中原子的坐标的格式是下面这样的.
CT               1
    -5.367652772        -4.974650238        -5.990217152   
    -3.753414027        -2.997453843         4.469020573   
    -4347.618322         785.7157385         1473.633382  
我想问: 在编程的输出,对于config 第一行 CT 和 1 之间的空格应该有几个合适,随便多少都合适吗?
在第二行的开头这里的空格要不要?如果要,留几个空格合适,谢谢!

还有一个疑问就是在config开头有一个变量natoms是定义原子的数目,我查看了几个例子发现这个natoms的数目和config中包含的数目不一致..有的config文件中这个变量都没有设定?这是怎么一回事?

[ Last edited by tpp001 on 2010-1-27 at 22:07 ]
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11楼2010-01-27 21:58:11
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-28 10:20:35:
老弟，要仔细看说明书，然后相信自己。
A。你那个CT和1之间有几个空格呢合适呢？说明书上说了，这个atmnam的格式是a8，也就是，它占8列宽度。那么你这个“1"字，就要写在第8列以后，而它本身是I10，那么这个 ...

我想问一下,CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗
我在CONFIG中是这样描述的
C1               1
              14.725              10.573              37.602
C2               2
              15.492               9.515              38.393
C3               3
              15.720               9.910              39.857
C4               4
              16.413               8.815              40.667
S14              5
              14.484              10.045              35.884
而在FIELD 中这样来定义的:
atoms 5     mass        charge    rept
   CH3      15.03500     0.0        1
   CH2      14.02700     0.0        3
     SH     33.06800     0.0        1
我自己的理解是CONFIG中的C1,C2,C3,C4,S14是原子的名称,而FIELD中的CH3,CH2,SH是原子类型,可以不一样,但是它们是一一对应的,这样理解对吗??
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13楼2010-02-01 20:24:40
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Originally posted by 老虎大王 at 2010-02-01 21:05:39:
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比 ...

我还没有运行我的体系,但是我想问一下,如果我想看最后的CFGMIN 即:the configuration with the lowest configurational energy. 给出的结构,怎么查看,谢谢........
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16楼2010-02-03 14:14:45
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Originally posted by 小润猪 at 2010-02-03 03:02:38:
关于CONFIG文件生成，有很多方法，可以用MS，也可以用metadise、gulp、discovery studio 等，这些软件都可以实现这个功能。说白了CONFIG 就是些原子坐标，简单分子甚至可以自己计算着写上去。
CONFIG 与FIELD 文 ...

谢谢你的回复,你的意思是:
我上面给的 CONFIG 中atom name和FIELD中的atomic site name 一定要一样吗
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17楼2010-02-03 14:15:36
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Originally posted by 老虎大王 at 2010-02-01 21:05:39:
我也是这样理解的。呵呵。但是我没有搞过分子系统。我想如果是我来搞的话，我一般不会给原子起很多别名，我觉得同样的原子，它的名字保持一致比较稳当些。

如果你能自己试一试，验证一下，就可以对这个问题有比 ...

你好,我自己编写的CONFIG. FIELD. CONTROL这3个文件.运行以后我查看OUTPUT文件感觉没有运行完,不知道哪里出错了.我把CONFIG文件给贴出来
TEST 28: SPC IceVII (432 Molecules) Optimisation

optimise force       1.0
steps               1000
print                  1
stack                 10
stats                  1
timestep           0.001
cutoff               7.0
delr                 0.5
spme precision    1.0E-6
quaternion tolerance   1.0E-6

job time       1000000.0
close time         100.0

finish
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20楼2010-03-06 10:48:23
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